Jako jedną z pierwszych odnowiono (w kościele) kaplicę św. Wawrzyńca wraz ze znajdującą się tam figurą Białej Pani. Figura jest nietypowa, gdyż przedstawia Matkę Bożą Brzemienną, patronkę dzieci nienarodzonych i rodzin. Początkowo znajdowała się ona w klasztornej rozmównicy. W 1935 przeniesiono do kościoła i umieszczono w kaplicy św. Wawrzyńca. Dziś jest to miejsce, gdzie wierni chętnie gromadzą się na modlitwie.
31 maja 1992 po wizycie w Wilnie generał zakonu franciszkanów, O. Lanfranco Serrini, wyraził nadzieje, iż możliwy będzie powrót zakonu do Wilna: Przeżywamy obecnie moment cenny dla przyszłości Zakonu na Litwie. Jestem pewny, że będziemy wspólnie dążyć do przygotowania tej przyszłości w atmosferze braterstwa i szczerości z koniecznym zaangażowaniem i wytrwałością.
W sierpniu 1995 prowincja gdańska franciszkanów kupiła w Wilnie dom, z przeznaczeniem na juniorat zakonny. Dom ten odrestaurowano i zaadaptowano do wymogów życia zakonnego. Może on pomieścić kilkunastu zakonników. W maju 1998 franciszkanie ponownie objęli kościół opieką duszpasterską. Od tej pory nabożeństwa w świątyni są sprawowane w dwóch językach – polskim i litewskim. Pierwszym gwardianem klasztoru i rektorem kościoła został mianowany o. Marek Dettlaff.