Ostateczną decyzję, potwierdzającą franciszkańską obecność w tym miejscu, wydał Sąd Najwyższy w Warszawie w orzeczeniu z dnia 28 lutego 1938. mały|Organy kościoła W latach 1934–1945 organistą w kościele był Antoni Szuniewicz.
W dniu 24 czerwca 1941 roku w wirydarzu kościoła franciszkanów działacze litewscy rozstrzelali kilkudziesięciu sowieckich jeńców i Żydów. Ciała rozstrzelanych cały dzień leżały w wirydarzu, by mogli je oglądać gapie i zostały usunięte dopiero wieczorem.
Okres powojenny Po 1945 kościół został ponowie zamknięty przez władze komunistyczne. Pełnił on razem z klasztorem rozmaite funkcje, m.in. magazynowe i ulegał przez dziesięciolecia daleko idącej degradacji. Ołtarz główny oraz liczne dzieła sztuki sakralnej przekazano do innych kościołów. W dawnej kaplicy Suzinowej ulokowano sklep z pamiątkami.
W 1990 po upadku ZSRR i odzyskaniu przez Litwę niepodległości rozpoczęto remont zniszczonego kościoła, odsłaniając przy okazji najstarsze, gotyckie elementy jego budowy, m.in. ostrołukowe okna. Podobnych odsłon dokonano także przy okazji remontu klasztoru. W kaplicy cmentarnej znalazł siedzibę ośrodek pomocy społecznej.