Nowa Południowa Walia W 1809 został mianowany gubernatorem Nowej Południowej Walii, pierwszej i wówczas jedynej kolonii brytyjskiej w Australii. Miała ona wówczas głównie charakter karny, zaś grupą dominującą w niej byli oficerowie piechoty morskiej, dowodzący lokalnym garnizonem i zarazem osiągający wielkie zyski z monopolu na dostarczanie do kolonii niezbędnego zaopatrzenia. Wolnych osadników było stosunkowo niewielu, choć czerpali oni duże profity z bezpłatnej pracy skazańców. Wpływy wojskowych były tak wielkie, że w 1808 zbuntowali się przeciw gubernatorowi Williamowi Blighowi i uwięzili go (co przeszło do historii jako tzw. rebelia rumowa). Władze brytyjskie liczyły, iż mianując gubernatorem oficera wojsk lądowych – do których należał Macquarie – przetną sieć lokalnych układów, co pozwoli poprawić sytuację w kolonii.
Macquarie rządził kolonią bardzo twardą ręką, nie znosząc sprzeciwu zwłaszcza ze strony wojska. Z drugiej strony, realizował liberalny – jak na owe czasy – program. Podstawą jego polityki było doprowadzenie do sytuacji, w której ludzi wolnych będzie w kolonii więcej od skazańców. Aby to osiągnąć, bardzo szczodrze korzystał z przysługującego mu prawa skracania wyroków osadzonym w jego kolonii.