Większość z nich decydowała się pozostać w Nowej Południowej Walii, co doprowadziło do powstania warstwy społecznej tzw. emancypantów. Początkowo wolni osadnicy traktowali ich pogardliwie, ale gubernator walczył o ich równouprawnienie, powierzając im ważne stanowiska, łącznie z urzędem sędziego grodzkiego. Wśród emancypantów byli też ludzie dobrze wykształceni – skazani wcześniej głównie za fałszerstwa – a Macquarie chętnie wykorzystywał ich wiedzę dla rozwoju kolonii. Z tej grupy rekrutował się m.in. Francis Greenway, uważany za pierwszego wielkiego australijskiego architekta.
Gubernator zarządził także liczne wyprawy mające zbadać wnętrze kontynentu (naturalną granice kolonii stanowiły wtedy Góry Błękitne), a także niezbadane jeszcze odcinki wschodniego wybrzeża Australii. Na jego rozkaz założono Bathurst, pierwsze australijskie miasto niemające dostępu do morza. Prowadził także wielki program robót publicznych, wydając ogromne kwoty z państwowej kiesy, ale także kładąc podwaliny pod architekturę współczesnego Sydney.