Pilot zgłosił utratę kontroli nad maszyną, jego ster wysokości przestał działać, postanowił włączyć ponownie autopilota. Dym przesłania widoczność w kokpicie i kapitan po omacku uruchamia autopilota. Lot się stabilizuje. Aby bezpiecznie wylądować w Dubaju bez widoczności w kabinie, konieczne było ustawienie systemu ILS na częstotliwość lotniska w Dubaju. Drugi pilot mimo sporego zadymienia wprowadza poprawne dane lotniska. UPS-6 wylatuje poza kontrolę radaru z Bahrajnu, więc kontroler nie widzi ich na radarze. Maszyna pojawia się na radarze kontrolerów ze Zjednoczonych Emiratów Arabskich, jednak kontakt radiowy ustawiony jest na częstotliwość wieży z Bahrajnu. Brak widoczności w kabinie uniemożliwia przestawienie radia na inną częstotliwość. Z powodu silnego zadymienia w kabinie piloci nie byli w stanie odczytywać wskazań urządzeń, nie wiedzieli, na jakiej znajdują się wysokości. Maska tlenowa kapitana przestaje działać. Kapitan podejmuje decyzję o opuszczeniu swojego miejsca i podejście po zapasową maskę znajdującą się z tyłu kabiny. Pierwszy oficer przejmuje stery. Mimo upływu czasu kapitan nie wrócił, prawdopodobnie stracił przytomność. Drugi pilot został sam, zgłasza mayday. Samolot oddala się od wieży kontroli lotów w Bahrajnie, w związku z czym łączność radiowa pomiędzy wieżą i samolotem zostaje zerwana.