Pierwotne administratury kościelne zostały jednak zniszczone w czasie wędrówki ludów. W II połowie IX w., po misji Cyryla i Metodego, z udziałem duchownych bułgarskich, na terenie dzisiejszej Rumunii powstały eparchie Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego. W 1014, po podporządkowaniu Kościoła bułgarskiego Patriarchatowi Konstantynopolitańskiemu wskutek podbojów Bazylego Bułgarobójcy, obszar Rumunii objęła eparchia wołoska podległa Arcybiskupstwu Ochrydzkiemu. Eparchia posiadała faktyczną autonomię organizacyjną, co umożliwiało szybki rozwój życia monastycznego i sztuki sakralnej. W 1389 eparchia przyjęła nazwę Metropolii Ugro-Wołoskiej i w tej postaci od 1396 podlegała Patriarchatowi Konstantynopola, w strukturach którego działała do upadku Bizancjum. Co najmniej od 1386 istniała Metropolia Mołdawii.
Pod panowaniem tureckim i austriackim Po opanowaniu Bałkanów, Wołoszczyzny i Mołdawii przez Imperium Osmańskie lokalne struktury prawosławne zachowały względną autonomię ze względu na położenie na peryferiach państwa tureckiego. Władze tureckie podejmowały jednak próby islamizacji społeczeństwa, nie przynoszące spodziewanych efektów.