Sytuacja uległa ponownie gwałtownej zmianie po 1959. W latach 60. w Bukareszcie zniszczono szereg cerkwi, w całym kraju zamknięto znaczną część monasterów, zaś mnichów i mniszki zmuszono do porzucenia życia wspólnotowego. Ok. 1700 duchownych znalazło się w więzieniach. W 1962 doszło do kolejnego zwrotu w polityce państwa: Rumuński Kościół Prawosławny został uznany za pożyteczne narzędzie w budowaniu rumuńskiego nacjonalizmu, pod warunkiem wspierania polityki państwa. Odtąd jego duchowieństwo zachowywało w związku z tym pełną lojalność wobec dyktatorskiej władzy Nicolae Ceaușescu. Taka postawa wobec władz była korzystna dla Cerkwi, która mogła prowadzić działalność duszpasterską o wiele swobodniej, niż protestanci i katolicy, stale oskarżani o działania na rzecz państw zachodnich. W 1975 w Rumunii służyło 12 tys. kapłanów prawosławnych, wychodziło osiem periodyków teologicznych, zaś dwóch metropolitów zasiadało w parlamencie. Kościół zabierał głos w sprawach polityki zagranicznej kraju, dowodząc rumuńskości Siedmiogrodu i Besarabii. W antyzachodniej propagandzie państwowej pojawiły się natomiast akcenty antykatolickie;