Z listy tej wyodrębnia się minimalną listę cech fonologicznie relewantnych, przy czym naczelną zasadą tego etapu jest, że dana cecha jest fonologicznie relewantna (fonologicznie dystynktywna), jeśli istnieją pary, które różnią się tylko tą cechą. Ostatni etap obejmuje hierarchizację cech. Cecha relewantna w jednym języku może nie być relewantna w innym, np. w języku angielskim głoski [] i [], różniące się obecnością bądź brakiem welaryzacji są alofonami, podczas gdy w języku polskim są to różne fonemy - /l/ i /ł/ (w wymowie scenicznej).
Często spotykanym problemem w analizie fonologicznej są głoski (segmenty) o dystrybucji komplementarnej. Głoski takie różnią się akustycznie i artykulacyjnie i stoją w opozycji do innych, ale nie do siebie, nie występują bowiem w takim samym otoczeniu. Głoski takie uznaje się za jeden wariant jednego fonemu, jeśli wspólne ich cechy nie przysługują żadnej innej głosce. W języku polskim występują głoski [] i [] (nosowa półsamogłoska []), możliwe pary minimalne to np. [] (bańka) vs. [] (bajka), [] (pluńże) vs. [] (plujże), [] (żeński) vs. [] (rzęski). Obydwie głoski są palatalnymi (podniebiennymi) spółgłoskami nosowymi.