Słowacki ma następujące fonemy nie występujące w czeskim: , miękkie <ľ>, pierwotnie palatalizowane (miękkie) , w czeskim (i niektórych słowackich dialektach) zlało się z (słow. , czes. , pol. klucz); , , długie zgłoskotwórcze <ŕ, ĺ>, w czeskim iloczas zanikł, ewentualnie zmieniło się w , a później na (słow. , ; czes. , ; pol. głębia, szyjka); , w czeskim zanikło, odpowiada mu (słow. , czes. , pol. między); , zapisywane <ä>, w czeskim często mu odpowiada , zapisywane <ě> (słow. , czes. , pol. pięć) dyftongi , , , zapisywane <ia, ie, iu> (słow. , ; czes. , ; pol. piąty, biały); dyftong , zapisywany <ô>, rozwinął się z pierwotnego długiego , w czeskim przeszedł w , zapisywane jako <ů> (słow. , czes. , pol. koń).
Z kolei czeski ma następujące fonemy nieznane w słowackim: , zapisywane jako <ř>, rozwinęło się poprzez asybilację z miękkiego, palatalizowanego , w słowackim mu odpowiada (słow. , ; czes. , ; pol. rybak, przy); dyftong , zapisywany <ou>, powstały z pierwotnego długiego (nigdy nie na początku słowa), w obu językach zapisywanego jako <ú> (słow. , czes. , pol.