W 1271 r. znów uwikłał się w konflikt. Został wybrany przez opozycję na rektora, jako kontrkandydat dla oficjalnie wybranej osoby (Aubri z Rheims). Konflikt trwał przez trzy lata i był prawdopodobnie oparty na opozycji pomiędzy awerroistami, Sigerem i Pierre'em Dubois, a bardziej ortodoksyjnymi stronnictwami. Sprawa została załagodzona dopiero przez legata papieskiego, Szymona z Brion. Siger przeniósł się z Paryża do Liège.
Awerroizm był kontrowersyjny, ponieważ propagował tezy Arystotelesa w oryginalnej formie, bez zgody z wiarą chrześcijańską. Siger został oskarżony o nauczanie "podwójnej prawdy", poprzez mówienie, że jedna rzecz może być prawdziwa według rozumu, a jej całkowita przeciwność może być prawdziwa poprzez wiarę.
W 1277 r. pojawiła się kolejna krytyka prac Arystotelesa, w której znalazła się klauzula skierowana przeciwko Boecjuszowi z Dacji i Sigerowi z Brabancji. Ponownie Siger i Bernier z Nivelles zostali oskarżeni o herezję, zwłaszcza chodziło tu o dzieło Sigera Impossibilia, w którym podważał on istnienie Boga. Wskutek tego Siger i Boecjusz przypuszczalnie uciekli do Włoch i według Johna Peckhama, arcybiskupa Canterbury, przepadli tam bez wieści.