Zmarła w Warszawie 10 maja 1667. Obrady sejmowe przerwano tylko na jeden dzień, tronu i ław nie obito czarnym suknem i nie zorganizowano większych uroczystości żałobnych. Przez trzy dni trumna z ciałem królowej pozostawała na Zamku Królewskim, skąd została przeniesiona do kościoła Wizytek, gdzie oczekiwała na przewiezienie do Krakowa. Została pochowana na Wawelu, z wyjątkiem serca, które zgodnie z wolą zmarłej zostało przekazane warszawskim wizytkom. Tam też znajduje się jej maska pośmiertna wykonana z wosku.