Na przełomie lat 80/90. Dania stała się pionierem budowy okrętów uniwersalnych, z uzbrojeniem i wyposażeniem montowanym w zależności od misji (program Standard Flex), co miało pozwolić na zmniejszenie liczebności marynarki. Jako pierwsze powstały w ten sposób okręty patrolowo-rakieto-przeciwminowe typu Flyvefisken (Stanflex 300) i fregaty patrolowe typu Thetis (Stanflex 2000), budowane w latach 90. Nabyto wówczas też od Norwegii trzy okręty podwodne typu Kobben (oznaczone jako typ Tumleren). W związku z odprężeniem międzynarodowym po zakończeniu zimnej wojny, w 1990 roku wycofano fregaty typu Peder Skram i kutry torpedowe, a do końca wieku kutry rakietowe. We wrześniu 1990 roku po raz pierwszy od 126 lat okręt duński wyszedł poza Morze Północne – korweta „Olfert Fischer”, wysłana w celu wsparcia działań sił ONZ podczas wojny w Zatoce Perskiej. W 1995 roku marynarka liczyła 4769 osób personelu i 5500 rezerwy. XXI wiek W związku i zmianą rodzaju zagrożeń, w XXI wieku marynarka Danii nabrała charakteru floty ekspedycyjnej. Starsze jednostki zastąpiono przez nowoczesne, budowane w kraju, również z zastosowaniem daleko idącej uniwersalności i standaryzacji, zdolne do operacji ekspedycyjnych na świecie w składzie zespołów międzynarodowych.