Początkowo uwolniony hierarcha pozostał w Warszawie, w rezydencji posła rosyjskiego, zaś w marcu 1793 udał się do Słucka, który na skutek II rozbioru Polski znajdował się już w granicach Imperium Rosyjskiego. Na miejscu powrócił do sprawowania obowiązków biskupa perejasławskiego. Stanowczo sprzeciwił się organizacji na terenie Rzeczypospolitej autokefalicznego Kościoła prawosławnego, nad czym prowadzone były prace w czasie jego pobytu w więzieniu.
Działalność w Imperium Rosyjskim 13 kwietnia 1793 został biskupem mińskim. W kolejnych latach był w szczególny sposób zaangażowany w nawracanie na prawosławie unitów zamieszkujących ziemie zagarnięte przez Rosję w wyniku I i II rozbioru Polski. Jednym z pierwszych jego działań było wysłanie listu pasterskiego, w którym informował, że wszyscy unici zainteresowani przejściem na prawosławie mają zgłaszać się do niego, zaś metropolitę Teodozjusza Rostockiego jedynie powiadamiać o fakcie konwersji. Sama Katarzyna II hojnie wspierała pieniężnie działalność biskupa Wiktora i podległych mu kapłanów. W październiku 1794 hierarcha informował Synod o pozyskaniu dla prawosławia 721 parafii, w roku następnym pisał o kolejnych 1607 cerkwiach. Łączną liczbę unitów, którzy przyjęli prawosławie za sprawą aktywności biskupa Wiktora, szacuje się na półtora miliona osób.