Aresztowany biskup został przewieziony do Warszawy i postawiony przed specjalną komisją śledczą. Stwierdziła ona, że Wiktor (Sadkowski) utrzymywał bliskie kontakty z Rosją, nie udowodniła jednak inspirowania przez niego wystąpień chłopskich. Sam hierarcha nie ukrywał przy tym, że zgodnie z poleceniem Synodu współpracował z Rosją. Komisja oskarżyła biskupa o nielojalność wobec Rzeczypospolitej i zakłócanie porządku publicznego. Rozpowszechniano przy tym opinię, jakoby duchowieństwo prawosławne, z poduszczenia rosyjskiego, kierowało szeroko zakrojoną antypolską konspiracją. Mimo napływających kolejnych dowodów przeczącej oskarżeniu, 29 marca 1790 Wiktor (Sadkowski) usłyszał zarzut zdrady państwa i został uwięziony. Komisja zasugerowała również wyświęcenie nowych biskupów prawosławnych, którzy podlegaliby jurysdykcji Patriarchatu Konstantynopolitańskiego i nie mogliby być wykorzystywani politycznie przez Rosję.
Biskup Wiktor został 31 maja 1792 dodatkowo oskarżony o „niewierność Rzeczypospolitej i przestępstwa przeciw prawom krajowym”. Do jego zwolnienia doszło dopiero po przystąpieniu króla Stanisława Augusta Poniatowskiego do konfederacji targowickiej.