Pokłosiem wspomnianych zainteresowań stała się praca habilitacyjna poświęcona polityce Zjednoczonego Królestwa wobec Jugosławii w czasie drugiej wojny światowej, przyjęta i obroniona w IH PAN we wrześniu 1983 (publikacja – wyd. Ossolineum, Wrocław 1985).
Nie rezygnując z dotychczasowych zainteresowań, M. J. Zacharias w następnych latach zajął się również zagadnieniami dotyczącymi problematyki ustrojowej powojennej, komunistycznej Jugosławii – w aspekcie politycznym, narodowościowym, gospodarczym i kulturowym. Badania te kontynuował w latach następnych, już jako pracownik Instytutu Historii PAN w latach 1990-2007. Zostały one zwieńczone bardzo obszerną, prawie 700-stronicową pracą pt. Komunizm, federacja, nacjonalizmy. System władzy w Jugosławii 1943-1991. Powstanie, przekształcenia, rozkład, wyd. Neriton, Instytut Historii PAN, Warszawa 2004.