Od schyłku 1999 r. Michał J. Zacharias jest związany z Wyższą Szkołą Pedagogiczną, Akademią i obecnie – Uniwersytetem Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy. Pełni w nim funkcję kierownika Zakładu Stosunków Międzynarodowych. W styczniu 2011 r. otrzymał tytuł profesora z rąk prezydenta RP Bronisława Komorowskiego. W ostatnich latach zainteresował się lewicową myślą polityczną XIX i XX w. W 2015 r. opublikował pracę poświęconą myśli politycznej Milovana Đilasa. Obecnie prowadzi badania nad myślą polityczną i społeczną Jana Wacława Machajskiego (1866-1926).
M. J. Zacharias uczestniczył w wielu sesjach naukowych – krajowych i zagranicznych. Był także wieloletnim członkiem Redakcji i Komitetów Redakcyjnych „Dziejów Najnowszych”, „Studiów z Dziejów Rosji i Europy Środkowo-Wschodniej” oraz „Świata Idei i Polityki”.
Staże zagraniczne 1976 – Dijon, Université de Dijon (obecnie Université de Bourgogne)
1977 – Belgrad, Institut za savremenu istoriju
1979, 1984, 1991 – Paryż, École des hautes études en sciences sociales
1992 – Budapeszt, Magyar Tudamányos Akadémia
1994 – Londyn, British Academy;