W roku następnym, 1583, objął stanowisko profesora nadzwyczajnego na tym uniwersytecie – zapewne dzięki wstawiennictwu swojego teścia, teologa protestanckiego Davida ChyträusaS. Lorenz, Johann Georg Godelmann – ein Gegner des Hexenwahns?, [w:] Beiträge zur pommerschen und mecklenburgischen Geschichte, hrsg. R. Schmidt, Marburg/Lahn 1981, s. 62.. Kontynuował wykłady z prawa, tym razem lennego (w 1584), a następnie (od 1585) karnego (Carolina). W czasach zatrudnienia w Rostocku skupił się na pracy nad swym najważniejszym dziełem, słynnym traktatem o czarownictwie pt. De magis, veneficis et lamiis, deque his recte cognoscendis et puniendis, zadedykowanym królowi Danii i Norwegii Chrystianowi IV i wydanym po raz pierwszy we Frankfurcie w 1591S. Lorenz, Johann Georg Godelmann – ein Gegner des Hexenwahns?, [w:] Beiträge zur pommerschen und mecklenburgischen Geschichte, hrsg. R. Schmidt, Marburg/Lahn 1981, s. 63, przyp. 10.. Przerwał wykłady w 1587 w związku z powołaniem go przez miasto Rygę na swojego przedstawiciela w rokowaniach z Polską. W tym samym roku był obecny na elekcji w Warszawie, w 1589 uczestniczył w stanach prowincjonalnych Holsztynu.