Podczas organizowania działalności Uniwersytetu w Symferopolu otrzymał propozycję objęcia stanowiska asystenta profesora i po przyjęciu go zaangażował się w utworzenie Wydziału Rolnego. W 1917 został wybrany na przewodniczącego Taurydzkiego Komitetu Zjednoczenia Instytucji i Towarzystw Naukowych, które w skrócie nazywano Taurydzkim Stowarzyszeniem Naukowym, zrzeszało ono ponad 50 placówek naukowo-badawczych. W 1918 uzyskał tytuł profesora Wydziału Rolnego Uniwersytetu w Symferopolu, później uzyskał tytuł doktora honoris causa tej uczelni. Żoną Mokrzeckiego była Rosjanka, z tego związku miał syna Wiktora (ur. 1893) i córkę Marię (ur. 1897), w 1919 para rozstała się. Przez cały okres pracy na Krymie utrzymywał żywy kontakt z polskimi środowiskami naukowymi, szczególnie z działającym we Lwowie Muzeum Dzieduszyckich, prowadził również korespondencję z Benedyktem Dybowskim. Pracował nad zwalczaniem szkodników atakujących ogrody Wilna, a od 1894 był członkiem korespondencyjnym Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika.