Okres bałkański Po wkroczeniu na Krym Armii Czerwonej w 1920 zrezygnował z pracy na Uniwersytecie i całkowicie wycofał się z działalności naukowej i społecznej, a następnie w październiku wyjechał z córką do Konstantynopola. Syn jako chorąży Floty Czarnomorskiej został skoszarowany i nie mógł im towarzyszyć, dołączył po kilku miesiącach. Podczas pobytu w Turcji otrzymał propozycje pracy ze Stanów Zjednoczonych, Bułgarii i Jugosławii, ale nie przyjął ich postanawiając udać się do Polski. Córka Maria de Schoene razem z mężem Wacławem podjęli decyzję o zamieszkaniu w Belgradzie, Zygmunt Mokrzecki udał się tam również i pracował krótko na tamtejszej uczelni, a następnie przeniósł się do Mariboru. Równocześnie zwrócił się do zaprzyjaźnionego patologa roślin dr. Ludwika Garbowskiego z prośbą o umożliwienie podjęcia pracy w Polsce. Dzięki zaangażowaniu Jana Miklaszewskiego rozpoczęto prace nad stworzeniem stanowiska entomologa państwowego w Ministerstwie Rolnictwa, Leśnictwa i Zasobów Naturalnych, na które kandydował Zygmunt Mokrzecki. W tym czasie przebywał w Mariborze, gdzie pełnił funkcję pierwszego bułgarskiego państwowego entomologa i inspektora roślin w Ministerstwie Rolnictwa.