W wieku 15 lat Porthan wstąpił do Królewskiej Akademii w Turku, gdzie studiował przede wszystkim grekę i hebrajski u Carla Abrahama Clewberga (1712–1765). Pod kierunkiem Jakoba Haartmana (1717–1788) napisał dwie rozprawy Revelationi quid debeat philosophia nostra (tłum. „Co nasza filozofia zawdzięcza objawieniu”, część 1. w 1758 roku i część 2. w 1762 roku). W duchu Leibniza bronił tezy, że istnienie Boga można udowodnić rozumowaniem.
Po ukończeniu studiów magisterskich szybko został docentem języków klasycznych, a wkrótce także kierownikiem Biblioteki Akademii (1772–1777), znacznie powiększając jej zbiory o druki szwedzkie i fińskie. W 25-tomowym dziele Historia bibliothecae regiae Academiae Aboensis (1772–1795) opisał historię zbiorów bibliotecznych. Wynagrodzenie bibliotekarza było bardzo niskie i Porthan musiał dorabiać jako nauczyciel.
W 1777 roku został profesorem języków klasycznych i literatury antycznej. Był zwolennikiem ideologii oświecenia i w 1777 roku założył humanistyczne stowarzyszenie Aurora. Chociaż działalność Aurory nie trwała długo, to publikacja towarzystwa redagowana przez Porthana Tidningar utgifne af et sälskap I Åbo (tłum. „Wiadomości publikowane przez społeczeństwo w Turku”), później Åbo Tidningar, była pierwszą gazetą w Finlandii (wydawana w latach 1771–1778 i 1782–1785).