(pdf)..
Śmierć Cáceres została zastrzelona w jej domu przez uzbrojonych napastników rankiem 3 marca 2016 roku. Meksykański działacz na rzecz środowiska Gustavo Castro Soto również został ranny, przez dwa strzały, jeden w policzek, drugi w dłoń. Gustavo przyjechał do La Esperanza dzień przed spotkaniem z 80 innymi aby „przedyskutować alternatywy dla elektrowni wodnej”. Berta zaprosiła go aby został w jej domu na noc „jako że jej dom ma lepszy dostęp do internetu niż jego mieszkanie”.
Gustavo Castro Soto powiedział: Pracowałem nad prezentacją, kiedy usłyszałem głośny huk. Myślałem, że coś upadło, ale wtedy Berta zaczęła krzyczeć, „Kto tam?”, wiedziałem, że jest źle, że to już jest koniec.[...] Kiedy napastnik wrócił, zakryłem moją twarz. Był 3 metry ode mnie. Ruszyłem się kiedy wystrzelił, ale kula musnęła mnie w ucho. Myślał, że mnie zabił. To jest cud, że przeżyłem
Stosując tak zwane środki ostrożności, zaproponowane przez Amerykańską Komisję Praw Człowieka, rząd Hondurasu był zobowiązany chronić Cáceres, ale dnia kiedy dokonano morderstwa dom Cáceres nie był wcale chroniony. Minister bezpieczeństwa Hondurasu powiedział, że Cáceres nie była w miejscu, który uważała za swój dom.