Podczas kampanii 1805/1806 Puchalski brał udział w walkach przeciwko wojskom brytyjskim i neapolitańskim powstańcom, m.in. pod Castelfranco i pod Cosenzą, gdzie został ranny.
W armii Księstwa Warszawskiego Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego (1807) Puchalski służył w sztabie gen. Dąbrowskiego, wziął udział w bitwie pod Frydlandem (14 czerwca), gdzie otrzymał kolejne rany. W tym samym roku, w randzie pułkownika, Puchalski został naczelnym chirurgiem legii gen. Dąbrowskiego.
12 czerwca 1809, podczas wojny polsko-austriackiej, odznaczył się pod Gorzycami i Wczasami koło Mielca, a 19 września tego roku otrzymał nominację na inspektora generalnego szpitali wojskowych.
W 1812 wziął udział w wyprawie na Rosję, a po klęsce Napoleona znalazł się w Saksonii, znowuż pod rozkazami J. H. Dąbrowskiego. Zostawszy w Lipsku opiekował się pozostawioną tam ciężarną (drugą) żoną generała, potem odwiózł ją do męża do Paryża, gdzie 14 marca 1814 urodziła się córka Dąbrowskich. Następnie Puchalski pomógł Dąbrowskim w powrocie do kraju.