Zaliczając szczątki do Palaeoscincus, Broom początkowo uznał je za ankylozaurze. Potwierdził to Coombs w latach siedemdziesiątych XX wieku. Jednak w 1929 Nopcsa uznał takson za stegozauryda, z czym zgadza się większość współczesnych badań. W 1981 rodzaj powtórnie przejrzano materiał z punktu widzenia współczesnej taksonomii, uznając w nim pewny rodzaj stegozauryda. Jednak bardziej współczesny przegląd stegozaurów z 2008 mógł potwierdzić jedynie jedną wyróżniającą cechę i o ile badanie to cały czas przypisuje go do Stegosauridae na zasadzie podobieństwa, u Paranthodon nie można znaleźć cech diagnostycznych stegozaurydów.
Budowa thumb|left|Porównanie wielkości Paranthodon i człowieka rozumnego Paranthodon był mniejszym krewnym większych stegozaurydów, jak stegozaur. Thomas R. Holtz Jr. oszacował zwierzę na 5 m długości i między 454 a 907 kg masy ciała. Zwierzę cechowało się umiarkowanie wydłużonym pyskiem, wypukłym na szczycie. Tył kości przedszczękowej jest długi i szeroki, a nozdrza zewnętrzne duże. Zęby noszą wydatny grzbiet. Sfosylizowane kości nosowa i szczękowa są względnie kompletne, ale zachowała się też niekompletna kość przedszczękowa. Częściowo zachowany pysk przypomina należący do stegozaura swym znacznym tylnym wyrostkiem przedszczękowym oraz poszerzeniem podniebienia.