Jednak Stegosaurus pozostaje jedynym stegozaurydem znanym z materiału czaszkowego odpowiadającego Paranthodon i umożliwiającego porównanie, i nawet jeśli cechują się one wielkim podobieństwem, morfologia zębów jest bardzo wyróżniająca wśród stegozaurów. Przykładowo pozostałości czaszki znane są jedynie w przypadku stegozaura, Paranthodon, kentrozaura i tuodziangozaura i morfologia zębów jest inna u każdego z nich.
Szczęka Paranthodon zachowała rząd zębów. Nawis jest nieznaczny, jeśli w ogóle występuje. Różni się on tym od ankylozaurów, gdzie w przypadku kości szczękowej był on znaczny. Zęby noszą także środkowy grzebień i 5 mniejszych wydatnych grzebieni po każdej stronie. Przypomina to grzebienie obserwowane u kentrozaura. Jak wszystkie Stegosauria, ząbki na zębach są zaokrąglone u szczytu, co kontrastuje z ankylozaurami. Ponadto jak u huajangozaura, ale inaczej niż u kentrozaura i stegozaura, Paranthodon miał wydatne grzebienie obok rzędu zębów. Niektóre zęby tego rodzaju ukazują zużycie, na większości zębów jest ono nieobecne, jak u huajangozaura. Oznacza to, że prawdopodobnie uzębienie Paranthodon nie tworzyło zgryzu między zębami. Paranthodon odróżnia się od innych stegozaurów długim, szerokim tylnym wyrostkiem kości przedszczękowej, zębami szczękowymi o bardzo dużej obręczy, dużymi grzebieniami koron zębów.