Obrazuje to następujący kladogram: thumb|Hipotetyczna rekonstrukcja w oparciu o spokrewnione Stegosauria
Inne badania sytuowały Paranthodon blisko Tuojiangosaurus, Loricatosaurus i Kentrosaurus w obrębie Stegosaurinae. Nawet jeśli analizy filogenetyczne uznają Paranthodon za Stegosauridae, jego materiał nie posiada synapomorfii Stegosauria. Jednak jest on prawdopodobnie stegozaurzej natury, a filogenezy wielu autorów umieszczają go w tej właśnie grupie.
Paleoekologia thumb|Formacja Kirkwood, gdzie odkryto szczątki Formacja Kirkwood leży w Afryce Południowej. Odkryto w niej liczne pozostałości różnych rodzajów organizmów żywych, jako pierwszy odsłonięty został właśnie Paranthodon. Formacja powstawała od jury późnej do kredy wczesnej, najstarsze depozyty sięgają wstecz tytonu, licząc sobie jakieś 145,5 miliona lat. Natomiast najmłodsze skały powstały w walanżynie, około 136,4 miliona lat temu. Formację cechuje duża różnorodność grup zwierząt, wliczając w to dinozaury, przynajmniej dwa różne sfenodonty, wiele ryb doskonałokostnych, kilka krokodyli, płazy bezogonowe i żółwie.