Systematyka Obecnie Paranthodon klasyfikowany jest jako stegozaur spokrewniony ze stegozaurem, tuodziangozaurem i lorikatozaurem. Początkowo, kiedy Broom określił skamieliny parantodonta nazwą Palaeoscincus africanus, umieścił je wśród ankylozaurów. Klasyfikację tę później zmienił Nopcsa, który odkrył, że Paranthodon przypomina najbardziej stegozaurydy (było to jeszcze przed zdefiniowaniem tej grupy). Coombs (1978) nie zgodził się ze stanowiskiem Nopcsy, utrzymując parantodonta wśród Ankylosauria, jak Broom, aczkolwiek uznawał on zwierzę za Ankylosauria incertae sedis. W kolejnym przeglądzie autorstwa Galtona i Coombsa (1981) zamiast jednak potwierdzić interpretację Nopcsy, opisano Paranthodon jako stegozauryda kredy późnej. W wielu analizach filogenetycznych umieszczano Paranthodon wśród Stegosauria, a często i w Stegosauridae. W analizie z 2010, obejmującej prawie wszystkie gatunki Stegosauria, podano, że Paranthodon nie zalicza się do Stegosauridae, umieszczając go w politomii z tuodziangozaurem, huajangozaurem, czungkingozaurem, Jiangjunosaurus i gigantspinozaurem. Jednak po usunięciu dwóch ostatnich rodzajów Paranthodon wraz z tuodziangozaurem klasyfikowany był blisko Stegosauridae, Huayangosaurus wraz z Chungkingosaurus w Huayangosauridae.