W czasie okupacji niemieckiej „Pluton” prowadził hurtownię i sieć detalicznych sklepów artykułów kartkowych, hurtownię sacharyny, rozlewnię win, a także kawiarnię „Fregata” na ul. Mazowieckiej. Zwiększona została produkcja kawy zbożowej, a ponadto rozpoczęto produkcję marmolady i przetworów owocowych w Płudach pod Warszawą. Mimo trudnych warunków nie zaprzestano działalności społecznej – pracownikom zapewniano pomoc medyczną i zakup leków, przebywającym w oflagach oficerom wysyłano paczki, wraz z innymi firmami wspierano schroniska dla dzieci wysiedlonych z Zamojszczyzny. Szeregowi osób, szczególnie wysiedlonych z Wielkopolski, wydano Arbeitskarty (karty pracy), potwierdzające zatrudnienie i zapewniające ochronę przed wywozem na roboty przymusowe. Tuż przed wybuchem Powstania Warszawskiego firma zatrudniała 250 osób. Upadek powstania przyniósł zakończenie działalności przedsiębiorstwa, które po wojnie właściciele próbowali przenieść do Gdańska.
Po zakończeniu okupacji przystąpiono do odbudowy nieruchomości przy ul. Grzybowskiej 37. Uruchomiono również zniszczoną palarnię kawy.