powinna być wysoka w ostatnim etapie oczyszczania, kiedy zanieczyszczenia i pożądane białko wykazują wiele podobnych właściwości; pojemność – określa objętość próbki, jaka może być oczyszczana (np. załadowana do kolumny) bez utraty jakości procesu (może być ograniczana np. przez wysoką zawartość zanieczyszczeń w próbce); szybkość – ma największe znaczenie na początku procesu, kiedy niektórych zanieczyszczeń (np. proteaz) należy się pozbyć jak najszybciej; odzysk białka – może się obniżać np. przez nieodpowiednie warunki, procesy degradacyjne. Każdy dodatkowy etap oczyszczania zwiększa czystość, ale zmniejsza ilość odzyskanego białka.
Optymalizowanie każdego z tych czterech parametrów może odbyć się tylko kosztem innego, dlatego przy oczyszczaniu należy znaleźć kompromis.
Czasami zadowalający poziom czystości można osiągnąć w jednoetapowym oczyszczaniu; w innych przypadkach można zastosować 3-etapową strategię oczyszczania CIPP (). Pozwala ona zaplanować, w jaki sposób połączyć różne metody oczyszczania, aby osiągnąć najlepszy efekt.