Etapy oczyszczania białka są następujące: przygotowanie roztworu białka do oczyszczenia, które może obejmować ekstrakcję, klaryfikację; oczyszczanie właściwe () – izolowanie, zatężanie i stabilizowanie pożądanego białka; zwykle optymalizowana jest na tym etapie szybkość i pojemność; etap pośredniego oczyszczania () – usuwanie większości zanieczyszczeń takich jak inne białka, kwasy nukleinowe, endotoksyny, wirusy; jeśli oczyszczanie właściwe przebiegło efektywnie, można ten etap pominąć. Najważniejszymi parametrami na tym etapie są rozdzielczość i pojemność; doczyszczanie () – usuwanie pozostałych śladowych ilości zanieczyszczeń, agregatów białkowych, białek o podobnych właściwościach. Najważniejszym parametrem tego etapu jest rozdzielczość.
Każdy kolejny etap powoduje jednak utratę białek i może niekorzystnie wpływać na ich aktywność. Znajomość parametrów krytycznych dla stabiności białka (m.in. temperatura, pH, ciśnienie, siła jonowa, obecność kofaktorów) pomaga w minimalizowaniu strat. Generalnie lepiej jest otrzymać białko nadmiernie oczyszczone niż niedostatecznie oczyszczone, ponieważ niski stopień czystości, nieznane zanieczyszczenia mogą fałszować wyniki. Największy problem przy oczyszczaniu białka stanowi proteoliza.