Rozdział ze względu na ładunek Suma dodatnich i ujemnych ładunków bocznych reszt aminokwasowych tworzy ładunek wypadkowy cząsteczki białka. Ładunek ten można zobojętnić, dlatego każde białko ma punkt izoelektryczny (pI), czyli takie pH, w którym wypadkowy ładunek białka jest równy zero. W takich warunkach rozpuszczalność białek jest najmniejsza.
Elektroforeza
mały|upright|Żel z rozdzielonymi białkami barwiony błękitem Coomassie
Elektroforeza jest techniką używaną do oddzielania cząsteczek pod wpływem pola elektrycznego. Cząsteczki migrują w tempie zależnym od stosunku ładunek:masa. Przykładowo przy takiej samej masie i kształcie, szybciej w stronę elektrody będą przemieszczać się cząsteczki o wyższym ładunku wypadkowym. Na tej zasadzie białka nałożone na nośnik (żel) migrują w polu elektrycznym w różnym tempie w kierunku anody lub katody. Po rozdziale można je wyekstrahować z żelu.
Zazwyczaj jako nośnika używa się żelu poliakrylamidowego. Wielkość porów żelu można dostosowywać, modyfikując stężenie poliakrylamidu i czynnika sieciującego, co wraz z siłą pola elektrycznego ma wpływ na prędkość przemieszczania się białek.