Białka różniące się od siebie masami mogą być oddzielone przez wirowanie w gradiencie gęstości, do wytworzenia którego zwykle wykorzystuje się roztwór sacharozy. Białka naniesione na powierzchnię roztworu o zmieniającym się stężeniu sacharozy migrują w kierunku dna probówki zgodnie ze swoimi współczynnikami sedymentacji. Ostatecznie tworzą w probówce prążki lub strefy zależne od ich masy. Jeśli wirowanie trwa zbyt krótko, cząstki nie przemieszczą się wystarczająco, by się dobrze od siebie oddzielić; jeśli zbyt długo – wszystkie cząstki znajdą się na dnie.
Filtracja żelowa Filtracja żelowa (chromatografia żelowa, sączenie molekularne) polega na rozdziale białek w kolumnach wypełnionych porowatym polimerem jak np. poliakrylamid (Biogel), dekstran (Sephadex), agaroza (Sepharose), tj. przez tzw. sita molekularne. Małe cząsteczki dyfundują w głąb żelu i wolniej migrują w kolumnie. Większe cząsteczki takie jak białka, o większym rozmiarze od porów ziaren wypełniacza nie wnikają do nich i znajdują się tylko w roztworze wodnym wypełniającym przestrzenie między ziarnami, przez co szybciej wypływają z kolumny. W przeciwieństwie do innych chromatograficznych metod rozdziału cząstki nie wiążą się z wypełniaczem kolumny i skład buforu nie ma wpływu na rozdział.