kosmonautów badaczy. Styczeń 1994 – zastąpił Aleksieja Borodaja na stanowisku dowódcy grupy kosmonautów Państwowego Instytutu Naukowo-Badawczego Lotnictwa Wojskowego (GKNII WWS). 30 września 1996 – rozkazem Sztabu Głównego №123/3/0716 rozformowano grupę Państwowego Instytutu Naukowo-Badawczego Lotnictwa Wojskowego (GKNII WWS). 28 lipca 1997 – przyjęty do oddziału kosmonautów (WWS-13) Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina i tego samego dnia otrzymał nominację na dowódcę załogi rezerwowej drugiej wyprawy na Międzynarodową Stację Kosmiczną (ISS-2) oraz dowódcę czwartej załogi podstawowej (ISS-4). 20 października 1997 – przeformowano załogi Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. grudzień 1998 – wspólna komisja (RAK (РКА) i NASA) planująca loty załogowe na ISS wyznaczyła Tokariewa do składu załogi misji STS-96. Zastąpił on Jurija Malenczenkę. styczeń – maj 1999 – trenuje w składzie załogi STS-96 w Centrum Lotów Kosmicznych imienia Lyndona B. Johnsona. 27 maja – 6 czerwca 1999 udział w misji STS-96. Od 3 września 1999 trenuje w charakterze dowódcy drugiej załogi statku kosmicznego „Sojuz TMA-1”, pierwszej rosyjskiej misji w ramach programu „Sojuz-taxi”. Początkowo z Siergiejem Riewinem, a od września 2000 z Konstantinem Koziejewem.