W styczniu 2001 Tokariewa zastąpił Wiktor Afanasjew. 2001 – rozpoczyna przygotowania w składzie podstawowej załogi ISS-8 jako inżynier pokładowy i równocześnie dowódca statku kosmicznego Sojuz TMA wspólnie z amerykańskimi astronautami: Michaelem Foale’em i Williamem McArthurem. luty 2003 – po katastrofie promu Columbii i zawieszeniu lotów wahadłowców załogi Międzynarodowej Stacji Kosmicznej ponownie zostały przeformowane z uwagi na konieczność zmniejszenia ich liczebności do 2 astronautów. Wspólna komisja planująca loty załogowe na ISS zatwierdziła Tokariewa jako dowódcę statku Sojuz TMA oraz inżyniera pokładowego ISS załóg: rezerwowej – w misji ISS-8 – z Williamem McArthurem oraz Sojuza TMA-3 i podstawowej Sojuza TMA-4 lotu ISS-9 (do stycznia 2004). 3 listopada 2003 – do składu załogi w charakterze inżyniera pokładowego-2 statku Sojuz TMA-4 włączono holenderskiego astronautę André Kuipersa, który miał odbyć lot krótkotrwały w ramach programu Sojuz-Taxi. styczeń 2004 – ze składu załogi, decyzją rosyjskich lekarzy, wyłączono Williama McArthura, a w jego miejsce dokooptowany został 13 stycznia 2004 astronauta Leroy Chiao. 28 stycznia 2004 postanowiono, że Tokariew zostanie wyłączony z tej załogi.