W 1656 został aresztowany w Elblągu przez Szwedów i był więziony w zamku w Malborku. Na początku 1657 wytoczono mu proces za zdradę interesów Karola Gustawa i osadzono w zamku Örebro w Szwecji. W 1660, po podpisaniu pokoju ze Szwecją, został wypuszczony z niewoli m.in. w wyniku wstawiennictwa Jana II Kazimierza Wazy.
Rehabilitacja Po „potopie” Radziejowski odzyskał w 1662 dawną pozycję i majątek w Polsce, a sejm po pewnych sporach (brat ex-podkanclerzego starosta bolesławski Jan Szczęsny, będący posłem ziemi sochaczewskiej, żądając jego rehabilitacji, tamował obrady) wybaczył mu wszystkie winy, znosząc infamię. Zastrzeżono jednak, „że do honorów i dygnitarstw nie ma konkurować i na Dworze naszym nie ma bywać, chyba że od Nas [króla] ultro vocatus [faktycznie wezwany] będzie”Skrypt ad archivnm restitutionis, Urodzonego Hieronyma Radzieiowskiego, et catsationls poenam infamiae. (Volumina legum, t. 4, s. 405, f. 863.) Stefania Ochmann-Staniszewska, Sejmy lat 1661–1662: przegrana batalia o reformę ustroju Rzeczypospolitej, Wrocław 1977. Uchwałę tę Wespazjan Kochowski uznał za słuszną (Historya panowania Jana Kazimierza, Tom 2 Poznań 1859, s. 166–169), Joachim Jerlicz zaś potraktował jako bezzasadne pobłażanie zdrajcy (Joachim Jerlicz i latopisiec jego od roku 1620 do 1673 Warszawa 1853, t. 2, s. 67n i 116)..