Przedstawiciele grupy różnili się między sobą kształtem pyska; taksony takie jak Eoenantiornis czy przedstawiciele rodziny Bohaiornithidae cechowały się krótkim pyskiem, natomiast u przedstawicieli rodziny Longipterygidae pysk był wydłużony (przypadało nań ponad 60% całkowitej długości czaszki). Większość przedstawicieli grupy, których czaszki są znane, miała jeszcze zęby, choć przedstawiciele grupy różnili się między sobą liczbą i rozmieszczeniem uzębienia; u niektórych taksonów (Sinornis, Iberomesornis) zęby wyrastały z kości przedszczękowych, szczękowych i zębowych, zaś u innych (przedstawiciele rodziny Longipterygidae) występowały tylko w przedniej części szczęki i żuchwy. Zęby u Enantiornithes zazwyczaj były zbliżone kształtem do stożka, lekko zakrzywione ku tyłowi i nie miały piłkowanych krawędzi; niektórzy przedstawiciele grupy różnili się jednak między pod względem rozmiarów zębów (duże u Longipteryx i Shenqiornis, małe u Pengornis), stosunkiem wielkości zębów do rozmiarów całego ciała (Pengornis był znacznie większy od