Przedmiotem sporów są również wzajemne pokrewieństwa ptaków zaliczanych do Enantiornithes.
Budowa szkieletu thumb|Longipteryx chaoyangensis Większość przedstawicieli Enantiornithes była niewielkimi ptakami, porównywalnymi rozmiarami z wróblem, i tym samym cechowała się mniejszymi rozmiarami niż bazalne ptaki takie jak Archaeopteryx czy Confuciusornis. Nieliczni wczesnokredowi przedstawiciele grupy, jak Pengornis houi, osiągali rozmiary porównywalne z Confuciusornis. Najwięksi znani przedstawiciele grupy żyli jednak w późnej kredzie; rozpiętość skrzydeł Enantiornis leali szacowana jest na ok. 1,2 metra. Szkielety przedstawicieli Enantiornithes wykazują mozaikę cech budowy spotykanych u najbardziej bazalnych ptaków i u przedstawicieli Euornithes/Ornithuromorpha, a także znaczące różnice pomiędzy różnymi przedstawicielami grupy. Znane czaszki przedstawicieli Enantiornithes, zwłaszcza żyjących we wczesnej kredzie, wykazują szereg podobieństw do czaszki Archaeopteryx, takich jak np. niepozrastane kości czaszki, występowanie kości zaoczodołowych czy obecność kostnej przegrody oddzielającej oczodół od okna przedoczodołowego.