Dodatkowo w ocenie autorów wszystkie wskazane przez nich synapomorfie wspierające monofiletyzm Enantiornithes (a także Ornithothoraces oraz Euornithes/Ornithuromorpha) są niepewne, a to ze względu na dużą liczbę znanych mezozoicznych ptaków oraz trudności w potwierdzeniu występowania potencjalnych synapomorfii u wszystkich możliwych przedstawicieli grupy z uwagi na różnice w tym, jak dobrze zachowały się skamieniałości przedstawicieli różnych gatunków. Niepewne jest też, czy niektóre różnice między szkieletami przedstawicieli Enantiornithes a współczesnych ptaków, zwłaszcza różnice związane z niewystępowaniem u Enantiornithes zrośnięcia niektórych kości szkieletu, odzwierciedlają rzeczywiste różnice w budowie szkieletów, czy wynikają z tego, że znalezione szkielety przedstawicieli Enantiornithes mogą należeć do osobników, które padły przed osiągnięciem dojrzałości. W ocenie Zelenkowa (2017) niektóre ptaki tradycyjnie zaliczane do Enantiornithes, w tym w szczególności przedstawiciele rodziny Pengornithidae, mogły w rzeczywistości należeć do Euornithes/Ornithuromorpha.