Został zamordowany między 13 a 14 kwietnia 1940 przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943 (dosł. określony jako Ciolkosz Jan), zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 30 kwietnia 1943. Figuruje na liście AM i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 0777. Przy zwłokach Jana Ciołkosza zostały odnalezione: dowód osobisty oraz wizytówki.
Życie prywatne Był żonaty z Sabiną z Jeleńczaków.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari (za kampanię wrześniową) Krzyż Niepodległości (12 maja 1935) „za pracę w dziele odzyskania Niepodległości”. Krzyż Walecznych (20/C-945) Srebrny Krzyż Zasługi (10 listopada 1928)M.P. z 1928 r. nr 260, poz.