Purytanie zdewastowali wchodzącą w ich skład kaplicę, niszcząc jej wystrój i witraże (wcześniej członkowie kolegium zdołali ukryć przed nimi organy i naczynia liturgiczne, zakopując je w ogrodzie rektora). Pomimo tych wydarzeń, przez cały okres wojny kształciło studentów: W roku 1644 uwięziono na ponad 3 lata jednego z kolejnych rektorów, Stephena Halla. 14 członków zostało też wydalonych z uniwersytetu, a ich miejsca, choć w mniejszej liczbie, zajęły osoby lojalne wobec parlamentu. Z wyrzuconej czternastki w okresie restauracji powróciło do kolegium trzech..
W roku 1671 Tobias Rustat ufundował specjalne stypendium dla synów zmarłych pastorów anglikańskich, dające im możliwość odbycia studiów licencjackich i magisterskich, by następnie mogli uzyskać święcenia kościelne. Stypendystów było ośmiu (z biegiem lat ich liczba doszła do 17) i stanowili oni odrębną społeczność w obrębie kolegium, wyróżniającą się między innymi kolorem tog akademickich. Znanymi stypendystami byli Samuel Taylor Coleridge i David Hartley. Stypendium Rustata utrwalało charakter kolegium jako miejsca kształcenia kleru anglikańskiego.