Po wojnie 13 letniej i oddaniu Gdańska Polsce, szpital został przekazany radzie miejskiej. W samych Gdańsku było jeszcze sześć szpitali, podległym miastu bądź cechom, tylko szpital św. Jakuba przeznaczony dla zasłużony marynarzy, należał do Zakonu. W Elblągu prócz szpitala św. Ducha [Przejętego w 1457 przez radę miejską] funkcjonowały jeszcze 3 szpitale miejskie. W Królewcu Zakon posiadał 2 szpitale: św. Ducha (1304 r.), św. Elżbiety (1420 r.), ten pierwszy przetrwał do sekularyzacji Zakonu, drugi był raczej przytułkiem dla bezdomnych i ubogich. Dzięki darowiźnie wielkiego mistrza prawdopodobnie powstało w 1329 r. leprozorium św. Jerzego zarządzane przez radę miejską. Na terenie Chełma założono szpital św. Ducha w drugiej połowie XIII w., prócz tego było tam również leprozorium św. Jerzego, lecz tylko do początku XV w. Potem chorych odsyłano do Torunia. Nie wiadomo z kolei kiedy powstał szpital św. Ducha w Malborku, pierwsze wzmianki są z lat osiemdziesiątych XIV wieku. Szpital ten był całkiem spory, posiadał 80 łóżek, wraz z nim w miejsce istniało także małe leprozorium św. JerzegoKowalska z. , Krzyżacy w innym świetle, Tarnów: Wien i Wydawnictwo Biblos, 1996, s  44-45.