Trzynaście lat po założeniu wywalczył awans do najwyższej klasy rozgrywkowej, kiedy to w 1949 roku jako mistrz drugiej ligi wygrał trójmecz barażowy z ostatnią drużyną tabeli pierwszoligowej – CS La Libertad (0:1, 4:3, 4:2). W kostarykańskiej Primera División klub zadebiutował w sezonie 1950 i występował w niej w latach 1950–1959, kiedy to spadł do drugiej ligi.
W 1960 roku Uruguay po raz kolejny awansował do pierwszej ligi. W 1961 roku jako beniaminek wywalczył tytuł wicemistrza Kostaryki, choć miał wówczas ułatwione zadanie – w lidze przez rok miał miejsce rozłam na dwa osobne turnieje Federación 1961 i Asofútbol 1961. W rozgrywkach Federación wystąpiły zaledwie trzy zespoły (w tym Uruguay), natomiast czołowe kluby w kraju rywalizowały w znacznie bardziej prestiżowym turnieju Asofútbol. Aż do 1999 tytuł wicemistrzowski Uruguayu (jak i cały turniej Federación) nie był oficjalnie uznawany przez władze ligi.