Właśnie w latach 60. klub odnosił największe sukcesy w swojej historii. Mimo bycia jednym z mniejszych i skromniejszych zespołów w lidze, w sezonie 1963 sensacyjnie wywalczył swój jedyny tytuł mistrza Kostaryki. W tym samym roku zajął drugie miejsce w dwóch turniejach pucharowych – Copa Presidente i Copa Campeón de Campeones. W obydwóch przypadkach zremisował mecz finałowy z Deportivo Saprissa, aby później ulec rywalowi w serii rzutów karnych. Ponadto w 1964 roku wygrał turniej międzynarodowy Torneo de Campeones Centroamericanos, w którym wzięli udział mistrzowie innych krajów środkowoamerykańskich (znacznie bardziej utytułowane Municipal z Gwatemali i Olimpia z Hondurasu). Drugi pobyt Uruguayu w pierwszej lidze kostarykańskiej miał miejsce w latach 1961–1967.
W późniejszych latach Uruguay występował głównie w drugiej i trzeciej lidze kostarykańskiej, nie potrafiąc nawiązać do sukcesów z lat 60. W najwyższej klasie rozgrywkowej występował jeszcze w latach 1968–1970 i 1988–1992. Klub jest rekordzistą pod względem liczby awansów z drugiej do pierwszej ligi kostarykańskiej;