Za sprawą świetnych występów i przywiązania do barw klubowych Pérez był ulubieńcem kibiców Newell’s – w swojej macierzystej ekipie spędził ogółem pięć i pół roku.
W styczniu 2014 Pérez za sumę 950 tysięcy euro przeszedł do hiszpańskiego Málaga CF, podpisując trzyipółletnią umowę. W Primera División zadebiutował 17 stycznia 2014 w zremisowanym 0:0 spotkaniu z Valencią, a jedyną bramkę strzelił 25 marca tego samego roku w przegranej 1:2 konfrontacji z Espanyolem. Po pół roku miała miejsce zmiana trenera – Bernda Schustera zastąpił Javi Gracia, który nie widział dla Argentyńczyka miejsca w składzie i ani razu nie powołał go do kadry meczowej. W konsekwencji całą jesień zawodnik występował wyłącznie w Atlético Malagueño – czwartoligowych rezerwach Málagi. W styczniu 2015 powrócił do ojczyzny, na zasadzie półtorarocznego wypożyczenia (za 200 tysięcy euro) dołączając do stołecznego CA Boca Juniors. Tam z miejsca wywalczył sobie niepodważalną pozycję w linii pomocy w taktyce trenera Rodolfo Arruabarreny (a później Guillermo Barrosa Schelotto).