300px|thumb|derecha|Principales asentamientos españoles entre 1532 a 1547 en las rutas de los conquistadores hasta el inicio de la conquista A de Guayaquil. La fundación de Guayaquil fue un proceso de conquista española, en la actual región litoral de Ecuador, con lo cual, después de varios traslados y conflictos con pobladores nativos de culturas precolombinas, quedó definitivamente fundada la ciudad de Santiago de Guayaquil. La conquista española se desarrolló entre 1534 y 1547, durante la cual fue cambiando de nombre de acuerdo al lugar de establecimiento, conservando el nombre de su santo patrono.
El proceso fundacional ocurrió tras el ingreso de Diego de Almagro, a la serranía norte del antiguo Tahuantinsuyo de los incas, enviado por Francisco Pizarro desde el Cuzco, con el objetivo de acelerar la colonización de estos territorios y fortificarlos para contrarrestar la eventual invasión del adelantado Pedro de Alvarado, quien venía desde América Central. Almagro fundó la ciudad de Santiago de Quito el 15 de agosto de 1534, cerca de la actual localidad de Riobamba en Ecuador. Tras las negociaciones entre Almagro y Alvarado, la ciudad de Santiago tuvo que ser trasladada a otro sitio, ya que no cumplía con los requisitos impuestos por el rey de España en la Real Cédula expedida el 4 de mayo de aquel año, con lo cual se designó la salida de dos expediciones.
Fue como la primera expedición tomó rumbo norte y fundó la villa de San Francisco de Quito el 6 de diciembre de ese mismo año por Sebastián de Belalcázar. A mediados de 1535, salió la otra expedición con destino hacia el litoral, sin embargo, tomaron rumbo sur de vuelta a Piura. Belalcázar agrupó a varios hombres y provisiones para zarpar vía marítima al golfo de Guayaquil y remontar el río Guayas para trasladar la ciudad de Santiago de esta región.
Los nativos de la región fueron el principal obstáculo del establecimiento de la ciudad, ya que opusieron resistencia varias veces ante la presencia de los españoles. La población fundada por Belalcázar a finales de 1535 fue destruida por incendios provocados por los chonos; luego su reconstrucción y traslado en manos de Hernando de Zaera en 1536 también fue atacada en muchas ocasiones, dejando bajas importantes en la población; después, en 1542 el capitán Francisco de Orellana ordenó y ejecutó el traslado de la ciudad a otro sector, sin embargo, tras su salida se llevó consigo a varios soldados dejando desprotegida a la población, por lo cual Diego de Urbina mudó nuevamente Santiago a otra ubicación. Los huancavilcas asolaron nuevamente a los pobladores, quienes se vieron obligados en 1543 a trasladarse cerca del primer asentamiento de Belalcázar. Por último, debido a las guerras civiles entre españoles, se decidió trasladarla definitivamente en su actual ubicación al margen occidental del río Guayas.
Historia Antecedentes Poblaciones prehispánicas 200px|thumb|Figura representativa de un guerrero de la cultura huancavilca exhibida en el Museo Municipal de Guayaquil. La región en la que actualmente se encuentra ubicada la ciudad de Guayaquil fue habitada por varias tribus y culturas que dominaron aquellos territorios a lo largo de varios siglos hasta la conquista y colonización española.Avilés Pino-Hoyos Galarza, Historia de Guayaquil, pág. 3. La mayoría de estos pueblos tuvieron sus orígenes de otras civilizaciones de la región litoral del actual Ecuador, los cuales se desarrollaron a través de los períodos: precerámico, formativo,Avilés Pino, Historia del Ecuador, pág. 16. y de desarrollo regional.Gutiérrez Usillos, p.125 Estos procesos de agrupación y subdivisión político-militar por períodos abarcaron desde el 4200 a. C. hasta el 500 d. C. con el aparecimiento del último período precolombino.
Para el período de integración, que está comprendido aproximadamente desde el año 500 hasta el 1534,Guerrero Metz, Formación Social Ecuatoriana, pág. 10. las últimas poblaciones precolombinas se extendieron por la región constituyéndose de esta manera las dos grandes culturas del actual litoral ecuatoriano.Avilés Pino-Hoyos Galarza, Historia de Guayaquil, pág. 8: Los autores destacan la "conformación de dos grandes naciones a las que los arqueólogos llamaron "Manteño-Huancavilca" y "Milagro-Quevedo". Estos pueblos dependían principalmente de la red fluvial del río Guayas, lo cual aprovechaban para la pesca y el comercio con otras tribus.Guerrero Metz, Formación Social Ecuatoriana, págs. 14-15. En la parte occidental del río Guayas se extendían los huancavilcas o manteños del sur, y sus dominios alcanzaban la península de Sumpe y los territorios que actualmente están conformados en la provincia de Guayas, Santa Elena y Manabí.Hoyos Galarza-Avilés Pino, El Libro de Guayaquil, pág. 48. En la parte oriental del río Guayas se encontraban los chonos, quienes tenían varios asentamientos en el oeste de la provincia de Guayas y casi en su totalidad la de Los Ríos.Hoyos Galarza-Avilés Pino, El Libro de Guayaquil, pág. 52. En la zona cercana al golfo de Guayaquil y dispersa en varias localidades se encontraban los punaris o punaes y los jambelies.Avilés Pino, Historia del Ecuador, pág. 25. Avilés enlista varios pueblos de la costa ecuatoriana: Cayapas, Colorados, Caráquez, Mantas, Chonos, Atacames, Pastos, Huancavilcas, Jipijapas, Punaes y Tumbes.
Estas grandes naciones se organizaban políticamente en ayllus, pero cuando alcanzaban un gran crecimiento poblacional tenían que subdividirse en tribus para poder administrarse mejor.Guerrero Metz, Formación Social Ecuatoriana, págs. 16-17. No existe evidencia alguna de algún tipo de escritura, pero si tenían establecidas actividades comerciales con otros pueblos de diferentes regiones de América, en los actuales México y Chile. A diferencia de las culturas precolombinas de la actual serranía ecuatoriana, estos pueblos no presentan indicios de haber soportado la invasión del Imperio incaico, como ocurrió con las confederaciones andinas de los cañaris o los shyris.Guerrero Metz, Formación Social Ecuatoriana, págs. 18-21. Sin embargo a través de los años, varios historiadores han generalizado la invasión de los incas para casi todo el territorio actual de Ecuador como parte del Tahuantinsuyo.
Inicios de la conquista española 200px|left|thumb|Francisco Pizarro. Tras la primera exploración europea en el continente americano al mando de Cristóbal Colón, las noticias de la abundancia de riquezas que ofrecía las tierras exploradas llegaron a España y despertaron la codicia de varios expedicionarios, quienes buscaron la aprobación del rey para ir a saquear y conquistar esos territorios en servicio de la Corona.Guerrero Metz, Formación Social Ecuatoriana, pág. 21-23. Así, para 1519 los españoles al mando de Hernán Cortés empiezan la conquista de México, luego eso se extiende hacia la conquista de Yucatán, y establecieron el dominio ibérico sobre los pueblos precolombinos centroamericanos. Rápidamente los planes de conquista se fijarían hacia América del Sur.
A finales del año 1531, los españoles incursionaron por primera vez en el Golfo de Guayaquil bajo el mando de Francisco Pizarro. Los exploradores viajaron desde San Matero, en la actual provincia de Esmeraldas, y recorrieron varios sectores de la costa ecuatoriana, tales como Jipijapa, Salango, Coloche y las tierras de Sumpe, en la actual provincia de Santa Elena. Luego se introdujeron en la isla Puná donde se enfrentaron a los nativos en su camino hacia Tumbes,Aspiazu Carbo, Las Fundaciones de Santiago de Guayaquil, pág. 24. con lo cual tendrían una entrada a los territorios de los incas.Hoyos Galarza-Avilés Pino, El Libro de Gauyaquil, págs. 68-69.
Asociado con Diego de Almagro y Hernando de Luque, Pizarro organizó la conquista del Tahuantinsuyo. Los españoles no tuvieron muchas dificultades para invadir y subyugar aquellos territorios, ya que el imperio estaba envuelto en una guerra civil conocida como "guerra de subversión inca", entre los hermanos Atahualpa y Huáscar, quienes se disputaban la sucesión de su padre Huayna Cápac como emperador, el cual había muerto junto a su hijo mayor y verdadero sucesor Ninan Cuyuchi, producto de una extraña enfermedad que se presume fue viruela en 1525.Espinoza Soriano, Los incas, pág. 104: Algunos autores afirman que fue sarampión. Atahualpa derrotó a su hermano Huáscar en 1532, pero su reinado duró muy poco ya que Pizarro lo hizo prisionero en Cajamarca y después se dispuso a sitiar la ciudad de Cuzco, capital de los incas.
Los españoles tomaron el control del imperio después de la muerte de Atahualpa, nombrando sucesores del imperio conocidos como Incas de Vilcabamba, quienes estaban manipulados por Pizarro y sus hombres. Sin embargo, en una disposición del rey Carlos I de España, se le ordena a Francisco Pizarro que limite los territorios conquistados, a lo cual el conquistador no prestó atención ya que estaba mucho más pendiente de completar la conquista del Perú. Poco a poco el poder de los españoles fue extendiéndose en América del Sur, llegando a controlar a los incas, a pesar de que varios exgenerales incas habían puesto resistencia en varias partes del imperio.
Disputas entre españoles thumb|right|Pedro de Alvarado. Las noticias sobre las riquezas de los incas y la conquista que emprendió Francisco Pizarro llegaron a oídos de Pedro de Alvarado quien se encontraba en Guatemala con el título de adelantado. Alvarado solicitó y consiguió el permiso del rey para hacer descubrimientos y conquistas en las tierras del norte del antiguo Imperio incaico que estuvieran fuera de los límites asignados a Pizarro.Aspiazu Carbo, Las Fundaciones de Santiago de Guayaquil, pág. 54: Existe la versión de que los territorios pretendidos por Alvarado estaban dentro de los límites asignados a Pizarro pero permanecían desocupados. Construyó su flota en el Pacífico sur, donde fundó el Puerto de Iztapa en Guatemala. A principios de 1534 zarpó con una flota compuesta por ocho navíos, en los cuales se embarcaron 500 infantes bien armados, 227 caballos y un número de indígenas de Guatemala. Bartolomé de las Casas, en su Brevísima Relación, recuerda la mortandad de indios que generaban estas expediciones, tanto por obligarlos a transportar hasta el Mar del Sur los materiales con los que se construían los barcos, como por las condiciones de viajes y trabajos.
Desembarcó en la bahía de Caráquez y luego pasó luego a territorios de Puerto Viejo en Charapotó, donde fundó la villa de San Mateo de Charapotó; de ahí pasó por las actuales localidades de Jipijapa, Paján y salió al río Daule.Hoyos Galarza-Avilés Pino, El Libro de Guayaquil, pág. 72. Volvió a retroceder hacia los bosques de Paján, donde se detuvo algún tiempo. Sus fuerzas avanzaron por el sur hasta mucho más arriba de Chonana, y por el norte bajaron tanto que llegaron hasta el territorio de Nono, en la actual provincia de Pichincha, a pocos kilómetros de Quito. Desde Nono, desandando muchas leguas, tornaron a los bosques pantanosos de Chimbo en la región occidental, por donde, ya juntándose de nuevo toda la expedición, empezaron a ascender la cordillera de los Andes hasta salir a las alturas de Ambato.