A KEK 1998–1999-es szezonja volt a kupa utolsó, 39. kiírása. A győztes az olasz SS Lazio lett, miután a döntőben 2–1-re legyőzte az RCD Mallorca együttesét.
Az UEFA az 1998–1999-es szezont követően megszüntette a KEK-et, az egyes országok kupagyőztesei az 1999–2000-es szezontól kezdődően az UEFA-kupában indulhattak.
Selejtező
Első forduló
Második forduló
Negyeddöntő
Elődöntő
Döntő
Az 1998–1999-es kupagyőztesek Európa-kupája győzteseborder|100px|Olaszország Lazio 1. cím Lásd még 1998–1999-es UEFA-bajnokok ligája 1998–1999-es UEFA-kupa 1998-as Intertotó-kupa
Források
Kategória:Kupagyőztesek Európa-kupája Kupagyőztesekeurópakupája Kupagyőztesekeurópakupája