A horvátok eredete már több száz éve foglalkoztatja a történészek, nyelvészek és amatőrök jelentős részét, melynek új lendületet adott a független horvát állam 1991 közepén történt megalakulása. Az 1970-es évektől a régi temetőkből származó koponyák jellemzőit vizsgáló kutatások, majd antropogenetikai kutatások eredményei alapján az ókortól napjainkig a horvátok lakta területen ugyanaz a genotípus uralkodott, annak ellenére, hogy különböző populációkról volt szó. A legújabb genetikai kutatások azonban kimutatták, hogy a szláv genetikai jegyek hordozói fokozatosan vándoroltak be az eurázsiai sztyeppékről, így a horvátok az R1a „szláv” haplocsoport hordozóinak csak körülbelül egyharmadával rendelkeznek. További harmadát a „dinári” I1b haplocsoport, a maradékot pedig a Nyugat-Európára, illetve csak a Balkánra jellemző haplocsoportok teszik ki. Körülbelül 1 százalékuk rendelkezik a K (M 9) haplocsoport hordozóival, amelyről azt feltételezik, hogy a késő ókorban Délkelet-Ázsiából érkeztek a horvátok által lakott területre.
Ivan Mužić rámutat, hogy bár a horvátok összességében genetikailag nem sok szláv vonással rendelkeznek, a horvát államiság kialakulásának helye jól bizonyíthatóan Liburniában, vagyis Lika tágabb térségében, az Észak-Adria tengerparti területeinek közelében található. Az Adriának ezt a térségét a 8. századra többségben már szlávok lakták, akiknek uralma fokozatosan átterjedt a túlnyomórészt dalmát őslakosok által lakott területekre, amely a hosszú római uralom ellenére túlnyomórészt nem romanizálódott. Idővel a két csoport tagjai egy nemzetté olvadtak össze. A horvátok etnogeneziséről az első leírást a 13. században Tamás főesperes készítette, aki szerint a Horvátország területét leigázó vezető törzs (latinul: tribus nobilum) Lengyelország területéről vándorolt be és a bennszülött lakossággal egyesülve a jövevényekből végül egy nép lett egy nyelvvel. A Szávától északra fekvő területeket a középkortól fokozatosan népesítette be a horvát lakosság. 400px|bélyegkép|jobbra|A horvátok megérkezése a tengerhez Oton Iveković festményén
A horvát etnogenezis A mai horvát nemzet kialakulását több összetevő, illetve időszak befolyásolta:
a prehisztorikus összetevő a 40 000 évvel ezelőtti, kőkorszakból, a fiatalabb neolitikus kultúrák, mint például az időszámításunk előtt 4700 és 3900 között virágzott Danilo-kultúra, és a kőrézkori kultúrák, mint az i.e. 3000 és 2200 közötti Vučedoli kultúra. a protohisztorikus összetevő, amely magában foglalja az őslakosokat, például az illíreket (beleértve a tengermelléki dalmátokat és a liburnokat, valamint a pannon törzseket a kontinentális Horvátországban); a kelta vagy vegyes kelta-illír népeket, mint például a japodokat, tauriscusokat és scordiscusokat, valamint az i. e. 4. században az Adriai-tenger szigetein és partján létező néhány görög kolónia lakosságát a római hódítás okozta klasszikus ókori komponens, amely magában foglalta az ókori illír népet, valamint a római gyarmatosítókat és légiósokat, és ebben az időben a római Dalmácia provincia határán átmenetileg iráni nyelvű jazigok is tartózkodtak. a hunok által elindított népvándorlási időszakból származó késő ókori-kora középkori komponens, amelynek Horvátországban az első szakaszába soroljuk a vizigótokat és a rövid ideig itt tartózkodó szvébeket, valamint a keleti gótokat, a gepidákat és longobárdokat, akik megalakították a rövid életű Osztrogót Királyságot (493-553), A második szakaszban jött a nagy szláv népvándorlás, amely elsősorban az avar hódításhoz kapcsolódik. Dalmácia akkori földműves lakosságának nagy része a korábban latinul beszélő vlachoktól vagy morlákoktól származott. végül az utolsó a középkor-újkori komponens, amely magába foglalta a magyarok és a velenceiek jelenlétét. A 14. század után a fekete halál, a 15. század végén pedig az oszmán invázió miatt a horvát etnonimia a történelmi horvát területekről Nyugat-Szlavóniáig terjedt, aminek következtében Zágráb lett a Horvát Királyság fővárosa, és beépült e terület népesedési etnogenezisébe. Az oszmán invázió számos népességvándorlást idézett elő a Balkánon és Horvátországban, például a szerbek és a vlachok vándorlása, de a közelgő világháborúk és társadalmi események is befolyásolták a horvát etnogenezist.
Történeti források 300px|bélyegkép|jobbra|A kora középkori horvátok feltételezett vándorlási útvonalai Lengyelországból a mai Szlovákián és Magyarországon keresztül vezető úton, majd a 10. századra fokozatosan terjeszkednek Bosznia-Hercegovina kontinentális területén, végül a 11. század után Észak- és Kelet-Horvátországba. (Mario Šlaus szerint). A horvátok egy adott törzsre vonatkozó említése a 9. század előtt még nem teljesen bizonyított. Az első kétségtelen forrás VII. Kónsztantinosz bizánci császár De administrando imperio című munkája, mely szerint a fehér horvátoktól elszakadt a horvátok egy csoportja, akik Fehér-Horvátországban éltek, és saját akaratukból érkeztek, vagy Hérakleiosz bizánci császár (610-641) hívta őket Dalmáciába, ahol harcoltak és legyőzték az avarokat, végül megszervezték saját fejedelemségüket A műben közölt legenda szerint öt fiútestvér, Κλουκας (Kloukasz), Λόβελος (Lobelosz), Κοσέντζης (Koszentzisz), Μουχλώ (Mouchlo), és Χρωβάτος (Chrobatosz), valamint két lánytestvér Τουγά (Touga) és Βουγά (Bouga) vezette őket. Akkori arkhónjuk Porga apja volt, és Porga uralma alatt, a 7. században keresztelkedtek meg.
A régi történeti források nem adnak pontos jelzést e korai horvátok etnikai hovatartozásáról. VII. Konstantin sem azonosítja a horvátokat a szlávokkal, és nem mutat rá a köztük lévő különbségekre. Nyesztor orosz krónikás Régmúlt idők elbeszélése című krónikájában a fehér horvátokat a Visztula folyó mentén élő nyugati szlávokkal azonosította, akik más horvátokkal pedig a keleti szláv törzsszövetségben élnek. A dukljai pap krónikája a horvátokat azokkal a gótokkal azonosítja, akik azután maradtak fenn, hogy Totila király elfoglalta Dalmácia tartományt. Hasonlóképpen Tamás főesperes is megemlíti a Historia Salonitana című művében, hogy hét-nyolc nemesi törzs, akiket „Lingonesnek” nevezett, Lengyelországból érkezett, és Totila vezetésével Horvátországban telepedett le.
Tudományos elméletek Az alábbiakban a horvátok eredetére vonatkozó legfontosabb elméleteket foglaljuk össze:
A szláv eredet elmélete A szláv elmélet, más néven pánszláv elmélet, arról szól, hogy a szlávok Lengyelországból érkeztek Illyricumba, legalább a 12. század óta létezik. A horvát történetírás a 17. századtól való fejlődésével realisztikusabb lett, és a horvátokat azon szláv csoportok közé sorolta, amelyek a népvándorlás idején telepedtek le mai hazájukban. VII. Konstantin császár munkásságát különösen a 17. századi történész, Ivan Lučić kutatta,, aki arra a következtetésre jutott, hogy a horvátok a Kárpátok másik oldalán, a mai Lengyelország területén fekvő Fehér-Horvátországból származtak. Ezzel a nézettel a történészek többsége ma is egyetért.
A 19. század végén a történetírásra a legjelentősebb hatást a Franjo Rački, valamint a Josip Juraj Strossmayer püspök körüli szellemi és politikai kör gyakorolta. Rački nézete a horvátok és a szerbek egységes érkezéséről a „részben üres hazába” jól illeszkedik a jugoszlávizmus és pánszlávizmus ideológiájába. Rački gondolatait továbbfejlesztette Ferdo Šišić történész „A horvátok története a horvát uralkodók korában” (1925) című alapművében . A művet a későbbi történetírás alapkövének tekintik . Az első és a második jugoszláv államban azonban a pánszláv elmélet a politikai kontextus miatt különös hangsúlyt kapott, és ez volt az egyetlen hivatalosan elfogadott elmélet a rezsim által, míg más elméleteket, amelyek nem a szláv eredetet képviselték, figyelmen kívül hagyták és nem fogadták el sőt támogatóikat is (Milan Šufflay, Kerubin Šegvić, Ivo Pilar) politikai okokból üldözték. A hivatalos elmélet figyelmen kívül hagyott néhány történelmi forrást is, mint például VII. Konstantin beszámolóját, és úgy ítélte meg, hogy a horvátok és a szerbek ugyanaz a szláv nép, amely egy és ugyanazon vándorlásban érkezett, és nem hajlandók figyelembe venni az elmélettől idegen elemeket. Voltak olyan jugoszláv tudósok, mint Ferdo Šišić és Nada Klaić, akik megengedték bizonyos elemek nem szláv eredetét a horvát etnogenezisben, de általában a pannóniai avarokhoz és bolgárokhoz kapcsolódtak. A pánszláv elmélet egyik fő nehézsége a horvát etnonim volt, amelyet nem lehetett a szláv nyelvből származtatni. Radoslav Katičić kiterjedt folklór- és egyéb tanulmányai szerint a horvátok szlávsága valamint egyes szláv őshonos elemek fennmaradása megkérdőjelezhetetlen, míg etnonimájuk iráni eredete a legkevésbé valószínű. Ezzel a következtetéssel más tudósok is egyetértettek, mint például Ivo Goldstein.
Az autochton szláv elmélet 300px|bélyegkép|jobbra|Fehér-Horvátország és Fehér-Szerbia elhelyezkedése 560 körül Francis Dvornik könyvéből Az autochton szláv elmélet a horvát reneszánsz idejére nyúlik vissza, amikor ezt az elméletet Vinko Pribojević és Juraj Šižgorić támogatta. Kétségtelen, hogy a horvát nyelv a szláv nyelvek közé tartozik, de úgy vélték, hogy Illyricumban a szlávok őshonosak, őseik pedig a régi illírek voltak. Az elmélet a dalmáciai humanisták körében alakult ki, és olyan kora újkori írók, mint Matija Petar Katančić, Mavro Orbini és Pavao Ritter Vitezović is elfogadták. Ezt a kulturális és romantikus eszmét különösen az illír nemzeti mozgalom és vezetőjük, Ljudevit Gaj szorgalmazta a 19. században.
Az autochon modell szerint a szlávok őshazája az egykori Jugoszlávia területén volt, és inkább észak és nyugat felé terjedtek el, mint fordítva. Az elmélet Ivan Mužić által kidolgozott revíziója azt állítja, hogy megtörtént a szlávok vándorlása északról, de a szláv telepesek tényleges száma kicsi volt, és hogy a horvátok kialakulásában az őshonos etnikai szubsztrátum uralkodott. Az elmélet ellentmond és nem válaszol a szláv nyelv uralkodó jelenlétére Nehéz rekonstruálni azt a társadalmi és nyelvi helyzetet, amely a preszláv lakosságot létrehozta, különösen, ha elfogadjuk azt az elméletet, miszerint a szlávok bejövetele idején az őslakos népesség uralkodó volt, mégis elfogadta a kisebbségi szláv jövevények nyelvét és kultúráját. Ez a forgatókönyv csak azzal magyarázható, hogy a Nyugatrómai Birodalom bukása után a bennszülött romanizált lakosság kulturális és etnikai identitása torzulhatott, és hogy az új szláv nyelvet és kultúrát tekintélyes idiómának tekintették, amit muszáj volt elfogadni, vagy el akarta fogadni. A 20. században elvetették azt a feltevést, miszerint az illírek egy etnolingvisztikailag homogén entitás, és a szláv őshaza duna-medencei hipotézisét alátámasztó tudósok szerint egyes protoszláv törzsek már a szlávok Délkelet-Európába való vándorlása előtt is léteztek. Ezt az elméletet azonban tudományosan cáfolták és elvetették.
A gót elmélet A gót elmélet, amely a dukljai pap és Tamás főesperes 12. és 13. századi munkáira utal vissza anélkül, hogy kizárná, hogy néhány gót szegmens túlélhette az Osztrogót Királyság összeomlását, és bekerült a horvát etnogenezisbe, szinte semmilyen konkrét bizonyítékon nem alapul, amely azonosítaná a horvátokat a gótokkal. 1102-ben a Horvát Királyság perszonálunióra lépett a Magyar Királysággal. Úgy gondolják, hogy a horvátok gótokkal való azonosítása egy helyi, a horvát Trpimirović-dinasztiával kapcsolatos mítoszon alapul, amely a 11. századból származik, párhuzamba állítva a magyar Árpád-ház mítoszát, miszerint Attila hun vezértől származik. .