A második Babiš-kormány a Cseh Köztársaság kormánya volt, 2018 nyara és 2021 decembere között kormányozta Csehországot. A kisebbségi kormányt és az ANO 2011 és a ČSSD által delegált miniszterek alkották, a kormány működéséhez szükséges parlamenti többséget a kommunisták biztosították. A kormány instabil volt, működését a gyenge parlamenti támogatás mellett a ismétlődő ellenzéki támadások, Babiš miniszterelnök üzleti ügyei, Zeman elnök önjáró politikai szerepvállalása, a szociáldemokraták kiújuló belháborúi és a kedvezőtlen nemzetközi környezet is hátráltatta. A nehézségek és a folyamatos személycserék ellenére a kormány kitöltötte a politikai ciklus végéig hátralévő időt, a vezető kormánypárt pedig nem szenvedett el jelentős népszerűségvesztést.
Kormányalakítás A 2017-es választás és az első Babiš-kormány A 2017 októberében megtartott választásokon az Andrej Babiš korábbi pénzügyminiszter által vezetett ANO 2011 a törvényhozás legerősebb pártja lett, de egyedül nem tudta biztosítani a kormánytöbbséget. Zeman elnök egy ANO-ODS kormánykoalíciót látott volna legszívesebben, ám tervét az ODS rövid időn belül visszautasította Babiš kétes üzleti ügyeire hivatkozva. 2017. október 30-án Zeman elnök felkérte Babišt az új cseh kormány megalakítására. Babiš hosszan kísérletezett egy koalíciós partner felkutatásával, ám két héten belül nyilvánvalóvá vált, hogy az ANO kormánya vagy kisebbségi kormányként működik tovább, vagy újabb választásokat kell kiírni. A gyors kormányalakítást szorgalmazó Miloš Zeman megfenyegette a képviselőházat, hogy akkor is Babišt bízza majd meg a kormány megalakításával, ha a parlament a kötelező bizalmi szavazáson megvonja a bizalmat a Babiš-kormánytól. A parlamenti képviselők többsége továbbra sem támogatta Babiš kormányalakítását, ennek ellenére az elnök 2017. december 6-án kormányfővé nevezte ki Andrej Babišt. Babiš kinevezésével az első Babiš-kormány létrejött. A karácsonyi politikai holtszezonban az immáron miniszterelnökként tárgyaló Andrej Babiš mindhiába igyekezett a pártok bizalmát elnyerni. A január 16-i bizalmi szavazáson csak az ANO 2011 képviselői támogatták a kormányt, 117 képviselő a kormány ellen szavazott. Babiš be is nyújtotta lemondását az államfőnek, aki ígéretéhez híven ismételten a miniszterelnököt kérte fel az új kormány megalakítására.
Koalíciós tárgyalások Zeman Babiš melletti kiállásakor szinte kilátástalannak tűnt, hogy a miniszterelnök meggyőzze az őt elutasító pártokat a közös kormányzásról. A cseh alkotmány azonban nem rendelkezett arról, hogy az államfőnek mennyi idő áll rendelkezésére az újabb miniszterelnök-jelölt kiválasztására, a bizalmi szavazást elbukó miniszterelnököt az államfő ügyvezető miniszterelnökként tetszőleges ideig hivatalban tarthatta. Ennek tudatában Zeman elnök türelemre intette Babišt és nem hivatalosan felkérte az újabb kormányalakítási tárgyalásokra. A helyzet csak lassan indult olvadásnak.
2018 februárjában a ČSSD Jan Hamáčeket választotta meg pártelnöknek az ANO-val való közös kormányzás folytatását elutasító Milan Chovanec helyére. Hamáček azok közé a szociáldemokraták közé tartozott, akik a ČSSD megrendült helyzetét látván a kormányzati szerepvállalás esetleges folytatását sem zárták ki. Az új elnök pártszavazást írt ki az ANO-val folytatandó koalíciós tárgyalásokról, amelyet a párt tagsága kedvezően fogadott. A szociáldemokraták 2018 márciusában megkezdték a kormánykoalíció megkötéséről szóló tárgyalásokat az ANO-val. A tárgyalások egy hónapig rendben folytak, majd április elején – amikor a ČSSD delegációja a kulturális, munkaügyi, szociális és külügyi tárca mellett a belügyi tárcát is követelni kezdte – megszakadtak. A szociáldemokraták zsarolása sikeres volt, pár nap után Babiš kényszeredetten bejelentette, hogy folytatni szeretné a kormányalakítási tárgyalásokat. A koalíciós szerződést újabb szociáldemokrata pártszavazás erősítette meg. 2018. július 10-én Babiš miniszterelnök és a belügy vezetését megszerző Hamáček aláírta a koalíciós megállapodást.
Alku a kommunistákkal A parlamenti többség eléréséhez Babišnak a cseh közélet egyik politikai tabuját kellett ledönteni. A Cseh Köztársaság létrejötte óta egyfajta csendes megállapodása volt a cseh pártoknak, hogy a Csehszlovák Kommunista Párt szellemi örökségét továbbvivő Csehország és Morvaország Kommunista Pártját (KSČM) nem vonják be a hatalomgyakorlásba. A KSČM ugyan részt vett a választásokon és a parlamenti munkában, de rendszerellenessége miatt páriának számított a politikai életben; parlamenti tisztségeket nem kaptak, állami vállalatok felügyeletében kommunista politikus nem vehetett részt. A karanténba zárt KSČM-mel Babiš 2018 áprilisában kezdte meg a kormány támogatásáról szóló tárgyalásokat. A KSČM kifejezetten magas árat kért a támogatásáért. Ezek között olyanok szerepeltek, mint nyugdíj- és minimálbér emelés, az állam szerepének megerősítése a nemzeti vagyon kezelésének terén. A legtöbb vitát kiváltó kommunista kérés a rendszerváltás után egyházaknak visszajuttatott ingatlanvagyon megadóztatása volt. A KSČM által képviselt programpontok végül (az egyházak megadóztatásának kivételével) részesei lettek a kormányprogramnak. A KSČM vállalta, hogy szavazataival a parlamentben támogatja a kormányt, cserébe az ANO 2011 és a szociáldemokraták megszavazták a kommunisták jelöltjeit, így azok Csehszlovákia megszűnése óta először vezető állami tisztségekhez juthattak. Ugyanakkor az KSČM nem vált kormánypárttá, nem delegált minisztereket a kormányba; tevékenysége a kisebbségi kormányt kívülről támogató párt szerepére korlátozódott. Az ANO és a kommunisták közötti türelmi megállapodást 2018. július 10-én írták alá.
A kormányzás főbb eseményei Plágiumügyek Alig lépett hivatalba a második Babiš-kormány, szinte azonnal botrányok akadályozták működését. Az Cseh Rádió oknyomozó portálja kiderítette, hogy az ANO által delegált Taťána Malá igazságügyi miniszter egyetemi szakdolgozataiban mások tudományos dolgozataiból átvett szövegek szerepelnek. Az újságírók átmásolt szövegeket találtak Malá 2005-ös Brnoban írt és 2011-es pozsonyi diplomamunkájában is. A miniszterelnök nem hitt a plágiumvádaknak és bizalmáról biztosította miniszterét. Malá azonban ismervén a kormány ingatag helyzetét jobbnak látta benyújtani lemondását, így július 9-én kérte felmentését a miniszterelnöktől. Taťána Malá alig 13 napig volt igazságügyi miniszter, utódjául Babiš a független Jan Kněžíneket választotta.
Pár nappal később a Seznam zprávy hírportál írta meg, hogy jelentős mennyiségű máshonnan másolt szöveget talált Petr Krčál (ČSSD) szociális miniszter 2007-es szakdolgozatában. Krčál visszautasította a vádat és megvédte egykori hallgatóját a František Vízdal, a dolgozat korábbi témavezetője is. A vitába bekapcsolódott a cseh Közgazdasági Egyetem plágiumok felkutatásával foglalkozó munkacsoportja is. A csoport feltérképezte Krčál egykori forrásait, majd megállapította, hogy a dolgozat nagy része nem cseh nyelvű források lefordításával keletkezett. Az értékelés megjelenése után Petr Krčál bejelentette lemondását. Július végén Ľubomír Metnar védelmi miniszter 2004-es diplomadolgozata vált vizsgálatok tárgyává. Metnar dolgozatában több esetben pontos és hosszú idézeteket vett át forrásaiból, de sem a szöveg idézett mivoltát nem közölte, sem a forrást nem jelölte meg, csak a dolgozat legvégén. A miniszter elismerte korábbi hibáját, közölte viszont, hogy esze ágában sincs lemondani. A sajtó még néhány napig foglalkozott Metnar plágiumügyével, majd a közvélemény napirendre tért a jelenség fölött. A plágiumügyek nem ártottak érdemben a kormánypártoknak, a botrányok nem vezettek az érintett pártok észlelhető népszerűségvesztéséhez.
A 2018-as bizalmatlansági indítvány 2018 novemberében a Gólyafészek-ügy újabb fordulatot vett. Egy cseh hírportál Svájcban megtalálta és szóra bírta a miniszterelnök első házasságából származó fiát, az ifjabb Andrej Babišt. A férfi az újságíróknak elmondta, hogy az apja elleni nyomozások idején Ukrajnába és az akkor már orosz fennhatóság alatt álló Krímbe vitték, hogy ne kelljen tanúskodnia apja ellen a Gólyafészek-ügyben. Az interjú közlése után a cseh ellenzék nagyszabású tüntetéseket szervezett Prágában a miniszterelnök ellen. A tüntetések eredménytelenek voltak, a parlamenti ellenzék azonban abban reménykedett, hogy a nagyszabású megmozdulások megingatták a kormánykoalíció pártjainak összetartását. 2018. november 23-án bizalmatlansági indítványt adtak be Babiš miniszterelnök ellen, amelynek lényege az volt, hogy nem lehet miniszterelnök az, aki ellen a rendőrség egy bűncselekmény elkövetésének gyanújával nyomoz. A bizalmi szavazás előtt Zeman elnök a sajtó útján közölte a parlamenttel, hogy ha megbuktatják Babišt, akkor ismét őt nevezi majd ki miniszterelnöknek. A szavazás előtti vitán az ellenzék megismételte a kormányfő elleni vádakat, megpróbálván meggyőzni a kommunistákat és a szociáldemokratákat a zsarolhatóvá vált kormányfő személyének tarthatatlanságáról. A törekvés sikertelen volt, a KSČM előzetesen jelezte, hogy a türelmi megállapodásban foglaltak szerint támogatni fogja a kormányt. A szociáldemokrata képviselők a szavazás kezdetén kivonultak a teremből, lehetetlenné téve azt, hogy a miniszterelnök elleni indítvány megkapja a szükséges 101 támogató szavazatot. Az indítvány elbukott, a diadalmas Babiš pedig kijelentette, hogy pártja a választók bizalmából került kormányra, magától pedig csak akkor hajlandó lemondani, ha pártja elveszíti a választásokat.
Nyugdíjemelések A KSČM és a kormánykoalíció közötti türelmi szerződés értelmében a kormányprogramban szerepeltek a kommunisták által szorgalmazott szociális intézkedések. A kommunista párt ezek megvalósításához kötötte a kormány támogatását, Babiš pedig a kormány működésének kezdeti szakaszában igyekezett elnyerni a KSČM bizalmát. Már 2018 szeptemberében elfogadták a garantált öregségi nyugdíj emelését, illetve a ledolgozott évek alapján járó nyugdíj emelését. 2020-ban további jelentős általános, átlagosan 6%-ot meghaladó emelés következett.
A 2019-es bizalmatlansági indítvány bélyegkép|Tömegtüntetés 2019. június 23-án a kormány ellen Prágában Az ellenzék 2019-ben újból megkísérelte Babiš eltávolítását a kormány éléről. Az apropó ezúttal is a gólyafészek-ügy volt, a kormányfőt az ellenzék az EU-s támogatások jogosulatlan igénybevételével és a nyomozás akadályozásával vádolta. A Babisra gyakorolt nyomást az ellenzék fokozatosan növelte. Májusban civil szervezetek kezdtek demonstrációkat a miniszterelnök lemondását követelve. Június 1-én az Európai Bizottság közzétette saját jogászai által írt jelentést, amely szerint a cseh miniszterelnök vállalkozói és miniszterelnöki tevékenysége nem összeférhető. Az EB-jelentésre reagálva a civilek néhány napon belül megszervezték a független Csehország történetének egyik legnagyobb tüntetését, amelyen 120 ezren vettek részt. Június 18-án az ellenzék bizalmatlansági indítványt terjesztett a parlament elé. Ezt június 23-án újabb, akkor már negyedmillió főt megmozgató demonstráció követte. A kormányt támogató pártok már korábban jelezték, hogy bizalmuk töretlen a kormányban, így nem szándékoznak megszavazni a bizalmatlansági indítványt. Zeman elnök szintén a kormányt támogatók között lépett fel és közölte, hogy ha a parlament megbuktatja Babišt, akkor a korábbihoz hasonlóan nem fog új kormányfőt kinevezni, hanem ügyvezetőként hivatalban hagyja a miniszterelnököt.