La congregazione clericale dei Legionari di Cristo e il movimento d'apostolato Regnum Christi lo considerano il loro fondatore. Nel 2011 un altro sacerdote legionario, Alfredo Torres Villanueva, ha rivendicato la paternità del Regnum Christi, p. 47-50. e ha negato qualsiasi ruolo di Maciel nella sua fondazione., p. 52-53.

Il 19 maggio 2006, dopo un'indagine durata più di un anno, ma con denunce che risalivano già al 1956, la Congregazione per la Dottrina della Fede gli inflisse la pena canonica della rinuncia a ogni ministero pubblico e gli impose una vita riservata di preghiera e di penitenza per aver perpetrato abusi sessuali e delitti di pedofilia, in modo continuato per decenni, su numerosi seminaristi della sua congregazione e per averne poi assolti alcuni in confessione. Per questo ultimo delitto era già incorsa la scomunica latae sententiae. La decisione fu approvata personalmente da papa Benedetto XVI.

Il 1º maggio 2010, al termine della seconda visita apostolica inviata ai Legionari di Cristo, la Santa Sede dichiarò che «I gravissimi e obiettivamente immorali comportamenti di P. Maciel, confermati da testimonianze incontrovertibili, si configurano, talora, in veri delitti e manifestano una vita priva di scrupoli e di autentico sentimento religioso».Comunicato della Santa Sede , 1º maggio 2010. Inoltre «La condotta di P. Marcial Maciel Degollado ha causato serie conseguenze nella vita e nella struttura della Legione, tali da richiedere un cammino di profonda revisione», riguardante il carisma, la spiritualità, le Costituzioni, la formazione dei seminaristi, la struttura di governo e l'apostolato.

Benedetto XVI definì Maciel «un falso profeta» che ha condotto una vita «al di là di ciò che è morale: un'esistenza avventurosa, sprecata, distorta»Benedetto XVI (con Peter Seewald), Luce del mondo. Il Papa, la Chiesa e i segni dei tempi, Città del Vaticano, Libreria Editrice Vaticana, 2010, pp. 64-65..

Biografia Scrivere la biografia di Marcial Maciel significa distinguere la realtà dal mitoDeconstructing the Maciel Myth , Life after RC, 12 settembre 2010 e Il caparbio e misterioso Maciel , Il Foglio, 5 giugno 2010 che egli volle costruire su se stessoUna cronologia della vita di Marcial Maciel è nel blog di Cassandra Jones.

Marcial Maciel Degollado nacque il 10 marzo 1920 a Cotija (Michoacán, Messico) da una famiglia di medi proprietari terrieri.

Negli anni venti il Messico visse una grave persecuzione religiosa, che culminò con la Guerra Cristera. Nel 1927 la guerra cristera si estese nel Michoacán e i Maciel fuggirono da Cotija, trasferendosi dapprima a Jamay (Jalisco) e poi a Zamora (Michoacán) «ove rimasero per un lungo periodo, dal momento che tutta la famiglia era in pericolo»., p. 41. Uno zio materno di Maciel, Jesús Degollado Guízar, era infatti un capo cristero e i Maciel temettero ritorsioni delle truppe governative. Solo a guerra terminata, nel 1929, i Maciel fecero ritorno a Cotija de la Paz. È quindi improbabile che Maciel abbia assistito (come da lui più volte raccontato e come riportato nelle biografie ufficiali, pp. 21-22 (presentato come un'intervista a Maciel); , pp. 42-46 (cita un discorso di Maciel del 10 marzo del 1993). Entrambi i libri sono editi da Edizioni ART, casa editrice di proprietà dei Legionari di Cristo. In particolare l'edizione italiana del libro di Conde e Murray fu pubblicata a fine maggio del 2006, cioè dopo il comunicato della Santa Sede in cui si invitava Maciel a «una vita riservata di preghiera e di penitenza».) al martirio di José Sánchez del Rio, un cristero quindicenne ucciso a Sahuayo dalle truppe governative il 10 febbraio 1928 e beatificato da papa Benedetto XVI nel 2005 e successivamente canonizzato da papa Francesco il 16 ottobre 2016.

Secondo la biografia ufficiale nel maggio del 1934 ricevette la vocazione al sacerdozio, p. 11: riporta la biografia ufficiale presente sul sito internet dei Legionari di Cristo nel gennaio del 2008.. Nel 1936 entrò nel seminario minore di Veracruz,, pp. 355-361. che risiedeva clandestinamente a Città del Messico ed era diretto dallo zio Rafael Guízar Valencia, vescovo di Veracruz, canonizzato da Benedetto XVI nel 2006. Nel giugno dello stesso anno, sempre secondo la biografia ufficiale, ricevette la vocazione a fondare un nuovo ordine religiosoIn una lettera del gennaio 1992, attribuita a Maciel, si legge: «Egli, in una maniera misteriosa, comunicò alla mia anima l'idea di formare un gruppo di sacerdoti che si dedicassero senza misura, in una donazione assoluta, alla predicazione e all'estensione del Regno di Dio».. Alla morte dello zio (ma su sua disposizione) nel 1938 fu dimesso dal seminarioAlejandro Espinosa (un ex seminarista legionario, vittima degli abusi sessuali di Maciel) ha raccolto testimonianze di una violenta lite tra Maciel e lo zio poche ore prima della sua morte, avvenuta per complicazioni cardiache. Espinosa ha scritto nella sua prima biografia di Maciel, El legionario, che questi provocò la morte dello zio, ma la sua accusa non è mai stata presa in considerazione. Entrò allora in quello della diocesi di Chihuahua, dov'era vescovo un altro suo zio, Antonio Guízar y Valencia. Come seminarista della diocesi di Chihuahua fu ammesso al seminario interdiocesano di Montezuma (Nuovo Messico, Stati Uniti), retto dai gesuiti.

Nel 1939 Maciel fu espulso anche dal seminario della diocesi di Chihuahua. Si rivolse a un altro suo zio, Francisco Gonzalez Arias, vescovo di Cuernavaca. Poté così continuare gli studi a Montezuma come seminarista della diocesi di Cuernavaca, ma nel 1940 fu espulso definitivamente dagli stessi gesuiti. Maciel ha sempre spiegato queste espulsioni come conseguenza dei suoi tentativi (malvisti dai superiori) di riunire alcuni seminaristi per fondare la sua congregazione. I biografi indipendenti le hanno invece spiegate come conseguenza della scoperta, da parte dei superiori, delle sue tendenze omosessuali.

Maciel continuò la preparazione al sacerdozio sotto la supervisione dello zio Francesco Gonzalez Arias. Il 3 gennaio 1941 fondò a Città del Messico la Scuola apostolica dei Missionari del Sacro Cuore e della Vergine Addolorata. La maggioranza dei seminaristi originari lasciò successivamente la congregazione. Ricevette l'ordinazione sacerdotale nel 1944 nella basilica di Nostra Signora di Guadalupe a Città del Messico dallo stesso zio Gonzalez Arias, nonostante non avesse completato gli studi canonici.L'ordinazione sacerdotale fu valida, ma non risulta che Maciel abbia poi completato gli studi.

Nel giugno del 1946 Maciel fu ricevuto in udienza da papa Pio XII. Nel settembre dello stesso anno il rettore della Pontificia Università di Comillas (Santander, Spagna), il gesuita Francisco Baeza, fece un viaggio in America Latina per offrire borse di studio a giovani seminaristi. Grazie all'amicizia con Martin Artajo (ministro degli esteri del regime franchista), Maciel riuscì a portare in Spagna il primo gruppo di giovani seminaristi. Nel 1948, per ragioni ancora non chiarite, i gesuiti allontanarono Maciel e i suoi seminaristi da ComillasPoco tempo prima il rettore Francisco Baeza e il direttore spirituale, padre Lucio Rodrigo, avevano scritto alla Santa Sede, lodando Maciel e la sua nuova congregazione. Secondo Fernando Perez (un seminarista legionario che fu a Comillas con Maciel e che successivamente lo accusò di aver abusato di lui) i gesuiti cambiarono improvvisamente il loro atteggiamento, perché alcuni seminaristi legionari rivelarono loro le “deviazioni morali” di Maciel. Maciel ha sempre affermato che i gesuiti lo avevano espulso, perché alcuni vescovi erano infastiditi dall'intenzione di un gruppo di seminaristi delle loro diocesi (anche loro studenti a Comillas) di entrare nella sua congregazione. È certo che una decina di seminaristi diocesani (ma nessun gesuita) decisero di seguire Maciel e negli anni divennero il vertice della congregazione. È anche certo che per evitare l'espulsione Maciel produsse una lettera di referenze del segretario dell'arcivescovo di New York, il cardinale Francis Joseph Spellman. I gesuiti fecero un controllo e scoprirono che era falsa. Infine, sempre secondo Fernando Perez, contrariamente alle sue abitudini Maciel allontanò in vari modi dalla congregazione almeno 15 degli allora 32 seminaristi. Alcuni di loro erano effettivamente tra quelli che si erano confidati con i gesuiti di Comillas.

Maciel ottenne nel 1948 dal vescovo di Cuernavaca, Alfonso Espino y Silva, l'erezione canonica come congregazione di diritto diocesano. Maciel era stato avvertito che la Santa Sede stava per inviare una comunicazione, che ne disponeva il rinvio sine die e ottenne dal vescovo di anticipare la cerimonia di due settimane. La comunicazione della Santa Sede giunse quando ormai era troppo tardi.

Nel 1949 la congregazione fondata da Maciel cambiò nome in Legionari di Cristo su suggerimento di Pio XII. Nel 1950 inaugurò il Collegio Maggiore a Roma e nel 1954 la sua prima scuola, il collegio Cumbres a Città del Messico, grazie alle donazioni di una ricca ereditiera, Flora Barragan de GarzaLegionari di Cristo Spa , Panorama.it, 10 maggio 2010..

Nel 1958 fu inaugurato, alla presenza del nunzio apostolico in Spagna mons. Ildebrando Antoniutti, il noviziato in Salamanca e fu consacrata a Roma dal cardinale vicario Clemente Micara la chiesa di Nostra Signora di Guadalupe, eretta parrocchia nel 1960 e basilica minore nel 1990. Nel 1949 o nel 1959 fu fondato il movimento d'apostolato Regnum Christi e nel 1964 aprì l'Università Anáhuac a Città del Messico.

Col Decretum laudis di papa Paolo VI, nel 1965 la congregazione dei Legionari di Cristo diventò di diritto pontificio.

Nel 1966 la congregazione fondò la prima scuola Mano Amiga, destinata all'educazione di bambini poveri, poi riunite nella Fundacion AltiusHome page della Fundacion Altius . Nel 1970 Paolo VI affidò ai Legionari di Cristo la Prelatura di Quintana Roo nella penisola dello Yucatán e le missioni tra le popolazioni mayaL'ex seminarista legionario Paul Lennon ha scritto che Maciel inviava a Quintana Roo i religiosi che voleva punire o che non erano adatti agli apostolati con i ceti benestanti (cfr. ).

Nel 1971 fu fondata la prima Scuola della fede a Città del Messico. Con il Decretum laudis del 1983 la Santa Sede approvò in via definitiva le Costituzioni dei Legionari di Cristo (per i dubbi su questa approvazione vedi la sezione Le Costituzioni e gli abusi amministrativi).

Nel 1987 Maciel fu operato a Houston (Texas) per un'emorragia cerebrale. Si riprese, ma pur conservando la sua autorità dovette accettare un maggiore ruolo degli altri superiori nel governo della congregazione. Nel 1979, 1990 e 1993 accompagnò Giovanni Paolo II nelle sue visite in Messico, ma non in quelle del 1999 e del 2002.

Nel 1991 fu fondato il Collegio Maria Mater Ecclesiae di Roma e nel 1993 il Pontificio Ateneo Regina Apostolorum, destinati a preparare religiosi, sacerdoti diocesani e laici. Nel 2005 fu fondata l'Università Europea di Roma.

Maciel fu nominato membro dell'Assemblea Ordinaria del Sinodo dei vescovi per la formazione dei candidati al sacerdozio (1990), membro della IV Conferenza Generale dell'Episcopato Latinoamericano (1992), consulente permanente della Congregazione per il Clero (1994), membro dell'Assemblea Speciale per l'America del Sinodo dei vescovi (1997) e membro del Sinodo dei vescovi sulla vita consacrata e la sua missione nella Chiesa (1997).

Nel 2004 la Santa Sede concesse il decreto di approvazione definitiva degli Statuti del movimento Regnum Christi e affidò ai Legionari di Cristo la gestione dell'Istituto Pontificio Notre Dame di GerusalemmeHome page dell'Istituto Pontificio Notre Dame di Gerusalemme .