Origine Come riporta il documento n° XCIV della appendice II delle Antiguedades de España, Alfonso era il figlio terzogenito (maschio secondogenito) del re di Castiglia e re consorte di León, Ferdinando I e della regina del León e regina consorte di Castiglia, Sancha I, che, sia secondo la Historia genealógica y heráldica de la monarquía española, Volume 1, che secondo la Historia De Los Hechos De España di Rodrigo Jimenez De Rada era figlia del re di León e Castiglia Alfonso V e di Elvira Menéndez de Melanda, figlia del Conte di Portucale, il galiziano Menendo González e di sua moglie, Tutadona Moniz de Coimbra (dona Mayor). Ferdinando, come viene confermato dal documento nº 7 della Coleccion diplomatica de la catedral de Pamplona era il figlio maschio ultimogenito del re di Pamplona, conte d'Aragona, conte di Sobrarbe e Ribagorza, conte di Castiglia, Sancho III Garcés il Grande e di Munia, figlia, secondo la Chronica latina regum CastellaeLa Chronica latina regum Castellae è la storia, scritta in latino, durante il regno di Ferdinando III di Castiglia (1199-1252), verso la metà del secolo XIII (dal vescovo di Osma e poi anche di Burgos, Juan de Soria, cancelliere di Ferdinando III dal 1217 al 1239) dei regnanti castigliani dal 970, morte del conte Fernan Gonzales, al 1236, conquista di Cordova., del conte indipendente di Castiglia, conte di Burgos, di Lantarón, di Cerezo e di Álava, Sancho Garcés e di Urraca Gomez.
Biografia Secondo la Historia silenseLa Historia Silense è una cronaca, scritta in latino, verso il 1115, pare da un monaco del Monastero di Santo Domingo de Silos, che iniziava dai re Visigoti e arrivava al regno di Alfonso VI. e il Liber chronicorumIl Liber chronicorum è la storia dei re di León, dall'inizio del regno di Bermudo II (982), sino alla morte di Alfonso VI (1109), scritta verso il 1120, dal vescovo e storico, Pelagio da Oviedo, detto il favolista, per le molte invenzioni., Alfonso era il figlio maschio secondogenito, nato dopo che suo padre, Ferdinando, aveva ereditato il regno di Castiglia.
Alfonso viene citato, assieme ai genitori ed ai fratelli, nel documento n° XCIV della appendice II delle Antiguedades de España.
Alfonso viene citato, assieme ai genitori ed ai fratelli, nel documento n°XCVI della Apéndice del Tomo II de la Historia de la Santa A. M. Iglesia de Santiago de Compostela, datato marzo 1065.
Suo padre, Ferdinando I morì nel dicembre 1065, come riportano sia gli Annales Complutenses (Anales castellanos segundos)Gli Annales Complutenses (Anales castellanos segundos) furono compilati in Castiglia a metà del XII secolo, e coprono un periodo che va dalla nascita di Gesù Cristo sino alla morte della regina, Urraca di León e Castiglia, che gli Annales Compostellani, ed il Chronicon Burgense (Obiit Fernandus Rex in die S. Eugeniæ) e che fu tumulato a León, come riporta il Chronicon Lusitano, nel Pantheon reale (mausoleo) della collegiata di San Isidoro a León.
Dopo la morte del padre, avvenuta nel 1065, la madre si ritirò dal potere dividendo, secondo la volontà paterna, il regno di León e Castiglia tra i tre figli maschi: a Sancho II toccò la Castiglia; ad Alfonso VI il León; a Garcia I la GaliziaRafael Altamira, La Spagna (1031-1248), in «Storia del mondo medievale», vol. V, 1999, pag. 869.
Mentre alle due figlie femmine furono assegnate due signorie: a Urraca la signoria della città di Zamora; ad Elvira la signoria della città di Toro.
Il regno di León aveva come tributario la Taifa di Toledo.
Appena succeduto al padre, il fratello di Alfonso, Sancho II detto il Forte aveva iniziato conflitti con il regno di Pamplona, che sfociarono, nel 1067, in quella che fu denominata la "guerra dei tre Sanchi", che vide contrapposti al re di Castiglia Sancho II, il re di Pamplona, Sancho IV, e il re di Aragona, Sancho I.
Dopo la morte della madre, nel 1067, erano iniziati i conflitti tra Sancho e i suoi due fratelli, Alfonso e Garcia. Terminata (1068) la guerra dei tre Sanchi, Sancho II attaccò il fratello, Alfonso VI, e lo sconfisse nella battaglia di Llantada, sul fiume Pisuerga (19 luglio 1068), poi però venne a un accordo con lui per combattere Garcia.
Nel corso del 1069 Alfonso VI, secondo lo storico anglo-normanno, Guglielmo di Malmesbury (circa 1090-circa 1143), si fidanzò con la figlia di Guglielmo I d'Inghilterra, Agata, ma il matrimonio non fu mai celebrato e anche secondo il monaco benedettino, cronista della storia inglese, Matteo Paris, una figlia di Guglielmo I fu fidanzata ad Alfonso, mentre il monaco cristiano, storico e cronista inglese, Orderico Vitale, riporta che Agata era stata fidanzata con il re d'Inghilterra, Aroldo II e poi con Alfonso VI, ma morì durante il viaggio verso la penisola iberica e la salma fu riportata a Bayeux per la sepoltura.
Alfonso si fidanzò, sempre nel 1069, con Agnese (1059- dopo il 1099), secondo il "Chronicon sancti Maxentii Pictavensis, Chroniques des Eglises d'Anjou", figlia del duca d'Aquitania, Guglielmo VIII o Guido Goffredo.
Sancho e Alfonso, nel 1071, entrarono in Galizia e affrontarono Garcia che aveva da poco riportato la vittoria nella battaglia di Pedroso contro il conte del Portogallo, Nuno II Mendes, che gli si era ribellato e che nel corso della battaglia perse la vita, come riporta Bernard F. Reilly. Garcia, nello stesso anno, venne sconfitto, rinchiuso in una torre, obbligato ad abdicare ed esiliato; si rifugiò alla corte del re di Siviglia, Muhammad al-Muʿtamid, che era suo tributario.
Sancho II, nel 1072, rivolse le armi contro il León di Alfonso VI, che venne sconfitto nella battaglia di Golpejera, vicino a Carrión de los Condes, dal braccio destro di Sancho, Rodrigo Diaz de Bivar, detto el Cid; Alfonso fu fatto prigioniero e rinchiuso in una prigione a Burgos, ma Sancho fu convinto dalla sorella Urraca a permettere al fratello di recarsi in esilio a Toledo presso il re musulmano di Toledo, che era suo tributario. Sancho II, dopo il regno di Galizia, occupò allora quello di León, riunendo così nuovamente il regno che era stato di suo padre.
I nobili del León non accettarono il fatto compiuto e si strinsero attorno alle sorelle, soprattutto a Urraca, che si fortificò nella sua signoria, la città di Zamora. Sancho II dapprima espugnò la signoria di Toro della sorella Elvira e poi pose l'assedio a Zamora il 4 marzo del 1072. Dopo circa sette mesi di assedio, il 6 ottobre del 1072, secondo il Chronicon regum LegionensiumIl Chronicon regum Legionensium è la storia dei re di León, dall'inizio del regno di Bermudo II (982), sino alla morte di Alfonso VI (1109), scritta verso il 1120, dal vescovo e storico, Pelagio da Oviedo, detto il favolista, per le molte invenzioni. Sancho fu assassinato a tradimento durante l'assedio, sotto le mura di Zamora, da un suo soldato, Vellito Ariulfo (Secondo la Cronaca BurgenseLa Cronaca Burgense è composta da annali scritti, in latino, nel corso del XIII secolo e ritrovati, dopo secoli, nella cattedrale di Burgos (da cui il nome); furono compilati nella regione della Rioja e sono inerenti alla storia della Castiglia e della Navarra, dalla nascita di Gesù Cristo alla battaglia di Las Navas de Tolosa, del 1212. fu assassinato sotto le mura di Zamora, pare da un nobile zamorano, Bellido Dolfos, forse amante di Urraca, fingendosi disertore, avesse invitato Sancho a seguirlo per fargli vedere il punto debole delle mura, separandolo così dalla sua guardia, e lo avesse assassinato).
Dopo la morte di Sancho II i nobili castigliani continuarono l'assedio di Zamora; Garcia tornò in Galizia, mentre Alfonso VI, che era tornato in León, e poiché il fratello maschio primogenito, Sancho, non aveva lasciato eredi, si prodigò a garantire che se fosse stato riconosciuto re di Castiglia avrebbe trattato i nobili castigliani alla stregua dei nobili leonesi; ma il sospetto che Urraca e Alfonso fossero complici nell'assassinio di Sancho era condiviso dalla maggioranza di loro. Alla fine i maggiorenti castigliani, tra cui il Cid Campeador, dopo avere tolto l'assedio a Zamora, pretesero che Alfonso VI giurasse la sua innocenza in pubblico, sul sagrato della chiesa di Sant'Agata di Burgos; solo allora Alfonso VI fu riconosciuto re di Castiglia dai nobili castiglianiRafael Altamira, La Spagna (1031-1248), in «Storia del mondo medievale», vol. V, 1999, pag. 870.
Dopo la morte di Sancho II, Garcia aveva recuperato il suo regno di Galizia, ed aveva accettato che il fratello Alfonso VI fosse eletto re di Castiglia; però, all'inizio del 1073, con la complicità della sorella, Urraca, alfonso VI lo invitò ad un incontro presso di sé e, il 14 febbraio di quello stesso anno lo fece prigioniero e lo fece rinchiudere nel castello di Luna, nel nord del regno di León dove fu tenuto confinato per diciassette anni e dove si ammalò nel 1090. Alfonso VI, pentito, ordinò di liberarlo e condurlo a Leon, ma morì il 22 marzo del 1090, durante il trasferimento. Alfonso VI nel 1073 era entrato in possesso del regno che era stato di suo padre, Ferdinando.
Secondo lo storico medievalista statunitense, Bernard F. Reilly, Alfonso VI migliorò il rapporto con il monastero di Cluny, che già aveva suo padre, facendo donazioni, negli anni 1073- 1077. Alfonso VI inoltre si dedicò a ingrandire i propri territori; nel 1076, alla morte del re di Navarra, Sancho IV Garcés completò l'occupazione della Rioja, già iniziata dal fratello Sancho nel 1067 durante la guerra dei Tre Sanchi, rientrando quindi in possesso dei territori ceduti dal padre Ferdinando I al fratello e re di Navarra, García Sánchez III, come conferma il documento nº 1 del cartulario del monastero di San Millán de la Cogolla.
Sempre nel 1076 Alfonso adottò la liturgia romana per la Chiesa spagnola e l'anno successivo il papa Gregorio VII assunse la sovranità sui regni di Alfonso che, nello stesso anno (1077), adottò il titolo di Imperatore "imperator totius hispaniae,".
Alfonso aumentò a poco a poco la pressione sui piccoli regni mori, riuscendo a ottenere dalla maggior parte di essi il pagamento di tributi; sconfisse più volte Muhammad al-Muʿtamid, re di Siviglia, colpevole di avere aiutato Garcia nella guerra civile del decennio precedente, sottraendogli parecchi territori e rendendolo suo tributario, nel 1082. Nel 1081 il Cid, che era stato coinvolto in un'azione militare contro il re di Toledo, alleato del re di León e Castiglia, era stato esiliato per la prima volta da Alfonso VI.
Dopo avere aiutato nel 1084 il re di Toledo, al-Qādir, a conservare il suo trono in cambio di alcune fortezze, nel 1085 Alfonso VI lo attaccò, assediò e conquistò la capitale il 25 maggio e fece il suo ingresso in città proclamandosi imperatore delle due religioni, ma soprattutto da quel momento ebbe il controllo di buona parte del fiume Tago. La prima conseguenza di questa vantaggiosa condizione fu, sempre nel 1085, la conquista della città di Valencia (che prima era governata da uno dei suoi capitani, ex luogotenente del Cid, Álvar Fáñez e, nel 1086, fu data al re al-Qādir, in compenso della perdita di Toledo). Nel 1086 Alfonso VI aveva posto l'assedio a Saragozza, mentre i re dei piccoli regni mori, soprattutto gli Emiri di Siviglia, Badajoz e Granada preoccupati dall'aggressività del re cristiano, che aveva conquistato Toledo, decisero di chiedere l'aiuto degli Almoravidi, come riporta lo storico Rafael AltamiraRafael Altamira, "La Spagna (1031-1248)", in Storia del mondo medievale, vol. V, 1999, pag. 872, si recarono a Marrakech dal califfo, Yūsuf ibn Tāshfīn. L'emiro Yusuf ibn Tasfin arrivò in al-Andalus e sconfisse Alfonso VI nella Battaglia di al-Zallaqa, vicino a Badajoz nel 1086, ma nonostante vari tentativi non riuscì a riconquistare Toledo.