Considerato insieme a Christian Heinrich Pander e Karl Ernst von Baer uno dei fondatori dell'embriologia, fu docente all'università di Dorpat dal 1829 al 1835 e all'università di Königsberg dal 1835 in poi.
Da lui prende nome la tasca di Rathke, che negli embrioni degli Amnioti rappresenta una rudimentale adenoipofisi.
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